أيدت جماعة الإخوان المسلمين المبادرة التي تقدم بها الدكتور طارق الزمر القيادي في حركة الجهاد ، والتي تقضي بوقف ملاحقة الضباط الذين تورطوا في تعذيب أعضاء الجماعات الإسلامية وتفكيك عناصر الصدام داخل هذه الجماعات ، مقابل قيام النظام بالإفراج عن المعتقلين وتعويضهم ماليا. وأوضحت مصادر مقربة من الجماعة ضرورة حشد صفوف القوي السياسية والأحزاب ومنظمات المجتمع المدني لإجبار النظام على التعاطي بإيجابية مع هذه المبادرة وكل مبادرة تنهي ملف المعتقلين الذين يزيد أعدادهم على 20 ألف معتقل ، مشيرة إلى أن الجماعة كانت قد أصدرت منذ مدة تعليمات لنوابها في مجلس الشعب لفتح ملف المعتقلين السياسيين. وأوضحت المصادر أن أحد نواب الجماعة تسلم من محامي عبود الزمر ملفا حول المعتقلين وأوضاعهم في السجون المصرية لتفجير القضية داخل مجلس الشعب إلا أن التطورات المتلاحقة التي شهدتها البلاد بداية من العصف الحكومي بالقضاة وقضية عبارة السلام 98 وتفشي وباء إنفلونزا الطيور أجبر النواب على تأخير إثارة القضية في البرلمان. ونبهت المصادرة إلى أن دعم الإخوان لمبادرة الزمر لا يعني تراجعا في مواقعهم السياسية تجاه جماعات العنف خصوصا أنهم تحفظوا في السابق على المرجعيات التي قامت بها الجماعة الإسلامية معتبرة أنها جاءت في سياق صفقة مع النظام لسحب البساط من تحت أقدام جماعة الإخوان المسلمين ، لكن تشير إلى تأييد الجماعة لأي مبادرة تنهي حالة الاحتقان السياسي في المجتمع وتهيئ الساحة للإسراع بوتيرة الإصلاح السياسي. من جانبه ، أكد الدكتور محمد السيد حبيب النائب الأول للمرشد العام للإخوان المسلمين أن الجماعة تؤيد هذه المبادرة وكل مبادرة من شأنها الإفراج عن المعتقلين والسجناء ووقف العنف ودمج الإسلاميين في الحياة السياسية انطلاقا من مبادئ الجماعة التي ترى أن العنف ليس حلا لمشاكل مصر بل تسعى إلى اللجوء إلى الحوار كسبيل لحل هذه المشاكل. وعن مدى تجاوب النظام مع المبادرة من عدمه ، أشار الدكتور حبيب أن ذلك يتوقف على وجود إدارة سياسية لدى النظام لإغلاق هذه الملف وتهيئة الساحة السياسية للإصلاح ، الذي لن يتحقق إلا بالإفراج عن آلاف المعتقلين وحل مشاكل الإسلاميين عبر حل سياسي.