نفى الدكتور طارق خليل رئيس جامعة النيل والتكنولوجية، أية علاقة للدكتور أحمد نظيف رئيس الوزراء الأسبق بهذه الجامعة، وقال إنها أنشئت بأيدي مجموعة من العلميين من خارج وداخل مصر. لكنه لم ينكر أن تأسيسها جاء بناء بمبادرة من نظيف، لأنه كان ينظر لهذه الجامعة كجزء من الإستراتيجية التي كان يفعلها في عام 2001، وكان يفضل هذا المنهج في التعليم، لكنه لم يتدخل في هذا. وقال ردًا على ما يثار حول تخصيص الأرض إن "هذا كان إستراتيجية دولة ، وجامعة النيل جزء من منظومة تهتم بالعلم والتكنولوجيا والابتكار والإبداع، ود. أحمد نظيف لم يتدخل لا قبل 25 ولا بعد 25 وهو فقط واحد من 55 مؤسسًا في الجمعية المنشئة للجامعة". وحول تولي نظيف رئاسة جامعة النيل، أكد أنه لن يستطيع أن يؤكد أو ينفي، "لكن يمكن يتولى لو وافق القائمون والمؤسسون للجامعة أن يتولى رئاستها، لكني أؤكد لكم أني من يوم ما جئت الجامعة لم أره سوى مرة واحدة وهو عند إنشاء هذه الجامعة ووضعنا التخطيط الأساسي للجامعة وعرضنا عليه هذا التخطيط في مقابلة، ومن وقتها قال إن مصر تستحق مثل هذه الجامعة ولم أره مرة أخرى إلا في المناسبات العامة". ونفى خليل وجود تعاون بين الجامعة وأي جامعة إسرائيلية، وقال "نتعاون مع الجامعات المصنفة عالمية، لأننا ليس لدينا جامعة مصنفة عالمية، ولهذا نسعى من خلال جامعة النيل أن تكون مصنفة عالمية وهي تخلق وتزيد من المعرفة لا تلقن المعرفة نفكر في أبحاث وابتكارات واختراعات". ووصف خليل جامعة النيل والتكنولوجيا بأنها جامعة بحثية لا تهدف للربح وكانت الفكرة أن ننشئ جامعة متميزة للبحث العلمي ولا تهدف للربح والتفكير الأساسي فيها أن تخلق فكرة حب التعلم وليس الحفظ والتلقين والمنهجية في الفصول كما هو الحال في التعليم المصري. وأكد أن عدد طلاب الجامعة يبلغ حوالي 379 طالب ماجستيرات عليا و86 طالب دراسات جامعية وسوف نتوسع في المستقبل، وهناك خطة مستقبلية لمدة عشر سنوات أن نصل ل 6000 طالب دراسات جامعية وما بين 1000 إلى 2000 طالب جامعي.