تصاعدت الأزمة بين منظمات المجتمع المدني واللجنة المشرفة على الانتخابات الرئاسية بسبب رفض الأخيرة السماح لهذه المنظمات بمراقبة الانتخابات كما سبق وان وعدت الحكومة. وازداد الخلاف حدة بعد تصريحات صحفية لرئيس اللجنة رفض فيها وبشكل قاطع أي شكل من أشكال مراقبة الانتخابات من خلال منظمات المجتمع المدني أو الإعلاميين أو وكلاء المرشحين وهو ما اعتبرته المنظمات نقضا لما سبق وأن وعدت به الحكومة من تسهيل مهمتها الرقابية وذلك من خلال الخطابات التي أرسلتها إلى وزيري العدل والداخلية. وبناء عليه دخلت الأزمة إلى ساحة القضاء حيث قررت منظمات المجتمع المدني رفع دعوى قضائية مستعجلة أمام القضاء الإداري ضد رئيس اللجنة واعتبرت قراره تأكيدا على غياب عنصر الشفافية عن الانتخابات الرئاسية وتقويضا لأهم المعايير الدولية لنزاهة الانتخابات مما يعنى – حسب المنظمات – شكوكا مشروعة حول مصداقية العملية الانتخابية. واستنكرت المنظمات في اجتماع لها عقد بمركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان أمس الأول وشارك فيه ممثلون عن اللجنة المصرية لمراقبة الانتخابات والحملة الوطنية لمراقبة الانتخابات والائتلاف المدني لمراقبة الانتخابات استنكرت تصريحات رئيس اللجنة و اعتبرتها اصطناعا لخلاف بين القضاة ومنظمات حقوق الإنسان واستندت في ذلك إلى قول رئيس اللجنة بان القاضي لا يوضع تحت مراقبة المنظمات الحقوقية متغافلا عدم اعتراض القضاة على مراقبة المنظمات الحقوقية للمحاكمات القضائية ومتغافلا أيضا طلب نادى القضاة بتمكين المنظمات الحقوقية من مراقبة الانتخابات. من جهة أخرى ناشد المركز العربي لاستقلال القضاء والمحاماة قضاة مصر التمسك بحقهم الدستوري في الإشراف الكامل على الانتخابات الرئاسية وأن تكون عملية الإشراف القضائي في غرف العمليات وأن يشرف القضاة على عمليات فرز الأصوات وإعلان النتائج وضرورة تسليم مندوب كل مرشح في كل لجنة صورة رسمية من محضر اللجنة الفرعية وللجنة العامة تحقيقا للنزاهة والشفافية كذلك عدم السماح للناخب الرافض غمس يده في الحبر الفسفوري بالاقتراع واعتباره ممتنعا عن التصويت. كما ناشد القضاة بالسماح لمنظمات المجتمع المدني المراقبة للانتخابات بالتواجد في المقار الانتخابية وذلك باعتبار أن القضاة أصحاب القرار في محيط المجمع الانتخابي. وأعرب المركز عن قلقه البالغ حيال تصريحات المستشار ممدوح مرعي رئيس اللجنة العليا للانتخابات الرئاسية والتي صدرت عنه خلال اجتماعه بأعضاء الهيئات القضائية بالإسكندرية والبحيرة والتي أكد فيها أن استخدام الحبر الفسفوري في التصويت ليس ضروريا وأن استخدامه أو عدم استخدامه رهنا بإرادة الناخب كذلك إشارته إلى عدم ضرورة وجود سواتر لأماكن اقتراع الناخبين باللجان وذلك بالمخالفة لأحكام المادة 32 من القانون 174 لسنة 2005 بشأن تنظيم الانتخابات الرئاسية. كما أعرب المركز عن قلقه بشأن ما ورد في تصريحات رئيس اللجنة من أن اللجان الفرعية لن تعلن النتائج رغم أنه منوط بها ذلك وفقا لقانون الانتخابات الرئاسية وبيان اللجنة وهي أن تقوم بفرز الأصوات في حضور مندوبي المرشحين. وحذر المركز أن تكون هذه التصريحات مقدمة لمنع مندوبي المرشحين من حضور عملية الفرز. وانتقد المركز رفض رئيس اللجنة التعاون مع مؤسسات المجتمع المدني ورفض فكرة قيامها بالمراقبة على سير مراحل العملية الانتخابية وتعليماته الشديدة بعدم التعاون معها. وأعرب المركز عن دهشته من أنه حتى الآن لم تعلن اللجنة العليا للانتخابات الرئاسية تشكيل اللجان العامة بالمحافظات وتحديد مقار اللجان الفرعية وعددها. وأكد المركز على حق مؤسسات المجتمع المدني في مراقبة الانتخابات وفي الدخول إلى لجان وتقديم الشكاوى إلى رئيس اللجنة المشرفة على التصويت وطالب اللجنة العليا للانتخابات تقديم التسهيلات لمؤسسات المجتمع المدني بما يضمن الشفافية والعلنية داخل لجان الانتخابات.