أكدت مصادر سياسية أن العلاقة بين مشيخة الأزهر والإدارة الأمريكية قد تدخل نفقاً مظلماً في المرحلة المقبلة بعد القرار الذي اتخذه شيخ الأزهر د. محمد سيد طنطاوي بمنع لجنة الحريات الدينية التابعة لوزارة الخارجية الأمريكية التابعة لوزارة الخارجية من زيارة مقر المشيخة ، وعدم أبداء مسئولي الأزهر لأي قدر من التعاون معهم في المستقبل ، وهو الأمر الذي حظي بدعم من مجمع البحوث الإسلامية . أرجعت المصادر هذا القرار لاعتراض شيخ الأزهر علي رفض السفارة الأمريكية بالقاهرة إصدار تأشيرة دخول للولايات المتحدةالأمريكية للشيخ عبد الحميد الأطرش رئيس لجنة الفتوى بالأزهر كونه أحد أعضاء القائمة السوداء التي وضعتها واشنطن لعلماء أزهريين صدرت قرارات بمنعهم من دخول الأراضي الأمريكية . وأوضحت المصادر أن شيخ الأزهر أصدر قراراً عقب هذه الأزمة بمنع علماء الأزهر من السفر للولايات المتحدة خلال شهر رمضان حتى لو صدرت لهم تأشيرات دخول للأراضي الأمريكية مشيرة إلي أن علاقات الإدارة الأمريكية قد دخلت منعطفاً ساخناً اثر تشدد شيخ الأزهر في ردوده علي كاترين هيوز المسئولة عن ملف تحسين صورة واشنطن في المنطقة وتأكيده لها أن مناهج الأزهر تدعو إلي التسامح والمودة مع الأخر وأنه لا مجال لأي تدخل أمريكي في قضية المناهج أو فرض تدريس مقررات مقارنة الأديان التي يقوم الأزهر بتدريسه فعلاً . اعتبرت المصادر مجمل التطورات بمثابة نهاية شهر العسل بين الدكتور طنطاوي وإدارة بوش التي كثيراً ما راهنت علي الشيخ في إصدار بعض الفتاوى التي تدين المقاومة في العراق وتعتبر العمليات الاستشهادية ضد الإسرائيليين انتحارية بل وصلت العلاقة علي مراهنة الإدارة علي الشيخ طنطاوي كأداة لتحسين صورتها بالمنطقة.