أكد الدكتور محمد علي سعد العضو المراقب بالجهاز المركزي للمحاسبات علي أن ضعف الإرادة السياسية في مصر في العهد السابق لمكافحة الفساد وسرية تقارير الجهاز المركزي للمحاسبات كانت سببا وراء شيوع الفساد واستفحاله بالإضافة إلى موالاة الأجهزة الرقابية للسلطة السياسية وعلى رأسها أخطر جهاز في مصر وهو الجهاز المركزي للمحاسبات. وقال سعد في دراسة حديثة أعدها في الفترة الأخيرة : "تعانى الأجهزة الرقابية العاملة فى مصر من موالاتها للسلطة سياسيا وعلى رأسها الجهاز المركزى للمحاسبات، الأمر الذى نال كثيرا من فعاليته فى حماية الأموال العامة ومكافحة الفساد"، وأشارت الدراسة إلي أن تعدد الأجهزة الرقابية وتداخل اختصاصاتها وغياب آلية التنسيق فيما بينها أثر سلبا على دورها فى مكافحة الفساد وهو ما يمثل إهدارا للوقت والمال العام". وأشار إلى واحدة من العوامل المهمة التي أثرت على أداء الجهاز وهي " سلب استقلاليته، حيث توالت تبعيته الوظيفية ما بين السلطتين التشريعية والتنفيذية منذ نشأته, الأمر الذى وقف عائقاً أمام قيام الجهاز بدوره فى حماية المال العام ومكافحة الفساد " . وذكرت الدراسة التي أعدها عضو الجهاز المركزي للمحاسبات وأحد مؤسسي حركة رقابيون ضد الفساد المشكلة من قبل الأعضاء بالجهاز عقب نجاح ثورة 25 يناير "أن السلطة التنفيذية وسيطرتها على الجهاز كان لها أثرا سلبياً، موضحة أن خضوع الإعتمادات المالية للجهاز من حيث تقديرها وإصدارها وتعديلها للسلطة التنفيذية ممثلة فى وزارة المالية، مما نال كثيرا من الاستقلال المالى للجهاز. وأوضت الدراسة بضرورة وجود إطار دستورى واضح وصريح يرسى أسس استقلال الجهاز المركزى للمحاسبات ويعززه ويحول دون تغول أى من سلطات الدولة الثلاث "التشريعية-القضائية-التنفيذية" عليه، وألا تكون رقابته تابعة لأى سلطة منها تحقيقا للاستقلال الوظيفى للجهاز. وفي النهاية أوصت الدراسة بضرورة تحقيق الاستقلال المالى للجهاز المركزى للمحاسبات من خلال عدم تدخل السلطة التنفيذية فى أى مستوى من مستوياتها فى الإعتمادات المالية للجهاز سواء عند تقدير تلك الإعتمادات أو إصدارها أو تعديلها، وان يكون كل ما يتعلق بتلك الإعتمادات من خلال لجنة مختصة بذلك بمجلس الشعب.