استنكرت 15 منظمة ومركز حقوقي، قيام قوات الأمن بإغلاق مركز النديم لتأهيل ضحايا العنف والتعذيب وتشميعه بالقوة، فضلاً عن قيامهم باحتجاز حارس العقار واستجوابه، قبل أن يتم إطلاق سراحه لاحقًا. وفي بيان لتلك المنظمات، والتي من بينها "مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، والجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية"، قالت إن هذه الخطوة هي "استمرار لتصفية المنظمات الحقوقية"، وتكشف عن رغبة متجددة للانتقام من المنظمات الحقوقية التي تعد الملاذ الأخير لضحايا النظام الحالي. وأضاف البيان "رغم أن القرار صدر بشأن العيادة التي تشغل شقة واحدة، إلا أن القوة الأمنية اليوم تعدت حدود القرار وتجاوزت القانون وقامت بغلق شقتين أحرتين خاصتين بمركز النديم". وأشارت إلي أنه منذ تأسيس النديم عام (1994) ويحتل مكانة محورية وأساسية في الحركة الحقوقية المصرية، باعتباره الداعم الأهم للناجيات والناجين من جرائم التعذيب وجرائم العنف الجنسي المتصاعدة. وكانت قوات الأمن داهمت مقر المركز النديم، لتنفيذ قرار بغلق عيادة النديم، بناءً على قرار من إدارة العلاج الحر بوزارة الصحة صدر في فبراير من العام الماضي. وتقدم المركز بطعن بشأنه لم يبت فيه حتى الآن محاولاً وقف قرار الإغلاق بعد مداهمة قوات الأمن له في 18 فبراير 2016.