اللواء محمد زكي قائد الحرس الجمهوري الذي فضل الولاء لمصر بدلا من الولاء للإخوان ورئيسهم، القائد الوحيد الذي لا يتلقى تعليماته سوى من رئيس الجمهورية، وتشمل مهامه حماية الرئيس والنظام الجمهوري بأكمله. تولى حماية كل القصور الرئاسية ومراكز القيادة ومطارات الرئاسة صاحب المقولة الشهيرة "أنفذ إرادة الشعب الذي جاء بكم.. أنتم معتقلون" حيث فضل شرف الواجب الذي أقسم عليه وانحاز لثورة 30 يونيو ومن قبل انحاز إلى الثوار في أحداث الاتحادية، حيث قال: لن يعتدي على أبناء الشعب، ولا نتوقع أن يعتدي المصريون على الحرس الجمهوري، وهو ما حدث بالفعل، مؤكدا أن حق التظاهر السلمي مكفول للجميع، والحفاظ على ممتلكات الشعب وأن قوات الحرس تؤدي دورها في تأمين وحماية النظام الرئاسي والقصور من الداخل، وأزال وقتها كل الحواجز الخرسانية والمعدنية من جوانب الشوارع المحيطة بقصر الاتحادية ونقلها بجوار سور القصر لتكون حرما للقصر خلال مظاهرات 30 يونيو لحمايته موضحًا أن الحواجز نقلت لتكون تحت سور القصر، لمنع أي احتكاكات بين قوات حماية القصر والمتظاهرين بهدف عدم التضييق على أصحاب المحال التجارية وسكان المنطقة والحركة المرورية. انحاز "زكي" للشعب وتحفظ على الرئيس المعزول تنفيذا لإرادة الشعب، كما أن شهادته فيما بعد أمام النيابة كشفت عن أن قوات الحرس الجمهوري رفضت تنفيذ أوامر بقتل المتظاهرين. أعاد هيكلة الحرس الجمهوري، حيث شكل لوائين كل لواء يضم 6 كتائب والكتيبة بها قرابة 600 جندي. أشرف على كل مراسم تأمين واستقبال الرئيس عبدالفتاح السيسي وكان في استقباله في حفل التسليم والتسلم، حيث يتولى فتح القصر قبل وصول الرئيس، واستقبال الرئيس، ومصافحته وسط عزف السلام الجمهوري وإطلاق طلقات المدافع. يتلقى "زكى" موعد ومكان الزيارة قبل موعدها بمدة 3 أيام، فيذهب بنفسه لاستطلاع المكان أولا، ثم يرسل في اليوم التالي فريقًا شاملا من مهندسى الحرس الجمهوري من وحدة مهندسي الحرس الجمهوري المتخصصين في كل المجالات من مفرقعات وكشف تصنت واتصالات ومفرقعات وحرب إلكترونية وغيرها لمسح الموقع وتأمينه، ضد أي أخطأ ويرفع تقرير وبعدها يتسلم المكان.