افتتحت وزارة الآثار المصرية مسجد السيدة فاطمة بباب الخلق والذي يرجع تاريخه إلى القرن التاسع الهجري وبالتحديد في عام 873ه/1468 ميلادية حيث تم تكليف شركة المقاولون العرب بالأمر المباشر لاستئناف أعمال الترميم بالمئذنة بقيمة مادية تبلغ مليون و120 الف جنيه. حيث تم عمل دراسات عن حالة التربة أسفل المئذنة، والتى أوضحت أنها بحالة جيدة، وأن السبب فى ميل المئذنة هو تذبذب منسوب المياه، مما استلزم إصلاح شبكات الصرف والمياه ضمانًا لثبات الوضع الإنشائى للمئذنة فى المستقبل. وتم عمل حقن لقاعدة المئذنة حيث أن المواد الرابطة للحشوة قد تحللت جزئيًا بسبب مرور الزمن، وظهر تكريش باسفل حوائط كرسى المئذنة، وعليه تم الحقن لملئ الفراغات الداخلية وتقوية الحشوة، كما تم ضبط مناسيب بادئ المئذنة أفقيًا بإستخدام أحدث الأجهزة لضمان رأسية المئذنة بعد البناء. وتمت أعمال الترقيم للماذنة والتي لم تفقد اي جزء منها ثم الفك والتشوين للمئذنة بحرص، ولذلك جاء ناتج الفك بدون فقد أو هالك، كما صاحب هذه الأعمال توثيق دقيق لجميع مراحل العمل، مما نتج عنه إستعادة بناء المئذنة بكافة تفاصيلها المعمارية والزخرفية دون أى فقد أو هالك، ليستعيد المسجد عنصرًا معماريًا أصيلًا من مكوناته المعمارية، والتى ظلت مصلوبة بالأخشاب طيلة الثلاثة والعشرون عامًا. ويقع المسجد خارج باب زويلة "بوابة المتولي" بجانب شارع تحت الربع، واختلفت آراء المؤرخين والباحثين حول صاحبة المسجد، فذكر البعض أنها ابنة الأمير خاير بك أمير طبلخاناة الأشرفي، بينما يذكر السخاوي أنها ابنة الأميرة شقراء بنت الملك الناصر فرج بن برقوق، إلا أنه عُرف في العصر العثماني باسم مسجد المرأة نسبة إلى منشئه.
