احتاج المنتخب الجزائرى إلى 43 عامًا وذلك للفوز باللقب الأول والوحيد فى تاريخ مشاركته بكأس أمم إفريقيا، وذلك حين استضاف النسخة ال17 على أرضه ووسط جمهوره سنة 1990 وهى البطولة التى لم تشهد أى تغيير عن النظام الذى كان متبعا فى النسخ الماضية من الحدث الرياضى الأهم فى القارة السمراء. وفشل المنتخب النيجيرى فى الحفاظ على لقبه هذه المرة، حيث سقط فى المباراة النهائية أمام الجزائر بهدف بعد مشوار مثير لكل منهما فى البطولة. وفى النسخة التالية عام 1992 التى أقيمت فى السنغال تمت زيادة عدد المنتخبات المشاركة فى التصفيات وكذلك عدد الفرق التى تأهلت إلى البطولة للرقم 12 بزيادة 4 منتخبات على النسخة الماضية، حيث تم تقسيمها إلى 4 مجموعات بواقع 3 فرق فى كل منها ومن ثم تم استحداث نظام دور الثمانية فى حين ودع من الدور الأول المنتخب الثالث عن كل مجموعة. وشهدت هذه النسخة نجاح كوت ديفوار فى تحقيق اللقب الأول بتاريخه خلال النهائيات بعد الفوز على غانا فى اللقاء النهائى الماراثونى بركلات الترجيح بنتيجة تاريخية وصلت إلى 11- 10. المنتخب المصرى حقق مشاركة سلبية خلال البطولة، حيث خسر مرتين أمام زامبياوغانا بهدف ليودع مبكرا فى تجربة سيئة للفراعنة. وفى عام 1994 استضافت تونس النسخة ال19 للبطولة، ورغم ذلك غادر النهائيات من الدور الأول فى حين شارك المنتخب الزامبى بعد الحادث الأليم الذى تعرض له بسقوط الطائرة التى كانت تقل الفريق وفقد حياته وقتها 25 فردا ما بين لاعبين وفنيين وإداريين، ومن بينهم رئيس الاتحاد الزامبى. النسخة العشرون أقيمت فى جنوب إفريقيا عام 1996، ونجح «البافانا بافانا» فى إحراز اللقب الوحيد لهم بتاريخ مشاركاتهم فى البطولة بالفوز على تونس بالمباراة النهائية الشهيرة بينهما.