علي الرغم من الايجابيات العديدة التي شهدتها البورصة في عام 2005 إلا أن هناك بعض السلبيات التي شهدها السوق خلال العام والتي يري الخبراء انها في طريقها إلي الاختفاء بشكل تدريجي من خلال حزم اللوائح والتشريعات التي تصدرها الجهات المسئولة عن إدارة سوق الاوراق المالية المصري. تركزت غالبية السلبيات التي تحدث عنها خبراء السوق في وجود ظاهرة المضاربات والتي زادت حدتها خلال العام الماضي ونتج عنها حدوث ارتفاعات سعرية غير مبررة تبعها انخفاضات حادة غير مبررة ايضا دون تدخل من مراقبي السوق أو الافصاح بالاضافة إلي بعض السلبيات التي شابت نشرات الاكتتاب في الطروحات خاصة الحكومية منها علاوة علي خلو السوق مما يعرف بصانع السوق. وحدد حسن جعفر عضو مجلس إدارة شركة جلوبال كابيتال اهم سلبيات بورصة 2005 في عدم وجود اكتتابات أولية لشركات جديدة تحت التأسيس كما يحدث في الأسواق المجاورة مما قد يساعد في زيادة الناتج المحلي الاجمالي وإيجاد المزيد من فرص العمل بشرط جدية تلك المشاريع. واشار إلي أن نشاط رأس المال المخاطر اختفي من البورصة المصرية وهو أحد اللاعبين في إعادة الهيكلة للشركات المتعثرة والمسئول عن تبني افكار جديدة أو تبني مشاريع قد تحمل نسبا عالية من المخاطرة، فضلا عن عدم الشفافية في مواعيد طرح الاكتتابات ومعاملتها كأنها عملية عسكرية وليست عملية طرح أسهم في البورصة وترك الباب للشائعات ثم نفي الشائعات أو تصريحات غامضة مثل ما حدث في المصرية للاتصالات فما المانع أن يكون معروفا من الآن ان موعد طرح ميدور هو الأول من فبراير 2006 مثلا. ونوه جعفر إلي أن المدة الزمنية التي تستغرقها عمليات الاكتتابات في زيادة رؤوس اموال الشركات و اتاحة أسهم الزيادة للبيع في حسابات العملاء طويلة جدا حيث كانت تصل هذه المدة إلي 4 أو 5 شهور وكذلك في عمليات مبادلة الاسهم بين الشركة المستحوذ عليها وأسهم زيادة رأسمال الشركة الجديدة ايضا تستغرق فترات تصل إلي 3 شهور وهو ما يعني حبس هذه الاموال عن السوق طوال فترة اتمام الاجراءات الروتينية. وكما اشار إلي عدم التزام العديد من الشركات المقيدة بالبورصة بمواعيد نشر القوائم المالية سواء السنوية أو الربع والنصف سنوية في المواعيد المقررة قانونا وتنشر بعد تلك المواعيد بشهر أو شهرين أحيانا، كما يعاب علي البورصة في عام 2005 واضح في أنظمة الحاسب الآلي والقدرة علي استيعاب الكميات الكبيرة في التداول مما أدي إلي العديد من المشاكل.