تسبب منصب نائب الرئيس في خلافات حادة بالجمعيه التأسيسية لوضع الدستور , ففي الوقت الذي يري فريق بالتأسيسية عدم النص عليه في الدستور وأن يبقي من سلطة الرئيس تعيين نائب أوأكثر وأن يمنحه ما يشاء من اختصاصات باعتبار أن هذا حق أصيل لرئيس الجمهورية له أن يختار نائبا أو أكثر أو لا يختار كما أن من حقه منحه ما يريد من الاختصاصات, يري الفريق الآخر أن عدم النص علي صلاحيات النائب في الدستور يجعله عديم الفائدة ويصبح النائب مجرد سكرتارية للرئيس. وكان دستور71 قد أفرد عددا من المواد لنائب الرئيس منها المادة رقم82 التي تنص علي أنه إذا قام بمانع يحول دون مباشرة رئيس الجمهورية لاختصاصه أناب عنه نائب الرئيس ولكنه ترك الحرية لرئيس الجمهورية في تعيين نائب أو أكثر حيث نص علي أنه لرئيس الجمهورية أن يعين نائبا له أو أكثر ولكنه لم يلزمه بذلك بعكس الإعلان الدستوري الذي نص علي إلزام رئيس الجمهورية بتعيين نائب أو أكثر خلال60 يوما من انتخابه. وطالب خبراء بضرورة أن يتم انتخاب نائب الرئيس مثل انتخاب الرئيس تماما مثل النظام الأمريكي وأن يتقدم المرشح للمنصب الرئاسي مع نائبه ليختارهما الشعب معا. في البداية يقول المستشار بهاء ابو شقة نائب رئيس حزب الوفد إنه منذ عام1952 يرجع اختيار نائب الرئيس لرئيس الجمهورية ويتمتع الرئيس بالسلطة المطلقة وهو ما جاء بنتائج غير مرضية لذلك لابد أن نكون الآن أمام سلطات واضحة لنائب الرئيس وأن تكون محددة بالدستور وأن يكون اختيار نائب الرئيس كما هو معمول به في النظام الأمريكي حيث يجري انتخابه وفقا لضوابط ومعايير ويكون من حق الرئيس انتخاب نائب أو أكثر وأن يكون انتخابه مع انتخاب الرئيس لأن من حق الشعب أن يختار النائب الذي يلي الرئيس مباشرة في حالة تعرض الرئيس لحادث طارئ ليكمل المدة القانونية دون الحاجة إلي اجراء انتخابات جديدة مثلما تولي فورد الرئاسة بعد أن اجبر نيكسون علي الاستقالة. ويوضح أن الديمقراطية التي ننادي بها تقتضي ألا تترك الأمور عشوائية وأن نكون أمام نصوص واضحة لا تحتمل أي لبس موضحا أنه من الأفضل سياسيا أن ينتخب نائب رئيس واحد كما هو معمول به في بلدان العالم حتي لا يحدث تضارب في السلطات. ويري إبراهيم نوارة نائب رئيس حزب الجبهة إن الدستور الجديد يجب أن يحدد فيه نواب الرئيس سواء كان نائبا أو أكثر كما تحدد اختصاصاته وصلاحياته ولا تترك للرئيس حتي لا يمنح الرئيس سلطات مطلقة وأن يحدد الاطار العام لمنصب نائب الرئيس والمهام التي ينوب فيها عن الرئيس موضحا أنه وفقا للاعلان الدستوري الحالي لا يوجد أي صلاحيات محددة لنائب الرئيس ومن حق الرئيس أن يمنحه أو يسحب منه صلاحيات لذلك يجب أن يتفادي الدستور الجديد ذلك وينص علي صلاحيات واضحة لنائب الرئيس وهذا سيتحدد ايضا وفقا لنظام الحكم بالدستور الجديد. ويؤكد ضرورة أن ينتخب الرئيس ونائبه في الدستور ولا يجوز أن يأتي نائب الرئيس بالتعيين لأنه في حالة تعرض الرئيس لظرف خاص يتولي نائب الرئيس رئاسة الجمهورية لحين انتهاء المدة القانونية للرئيس دون الحاجة لاجراء انتخابات جديدة لذلك يجب أن يكون منتخبا من الشعب. ويوضح الدكتور حسن نافعة استاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة أن الدستور إذا كان سينتهي لنظام رئاسي أو ومختلط فمن الأفضل أن يكون علي النمط الفرنسي وأن يكون نائب الرئيس منتخبا وألا يكون منصبا شرفيا يمكن عزله في أي وقت ويمنح صلاحياته كاملة ويتولي منصب الرئيس في حال أي ظرف طارئ حتي يكمل مدته القانونية ليضمن الاستقرار بعد فترة محددة للانتخابات. ويؤكد الدكتور محمد الجوادي المؤرخ السياسي أن النظام الأمريكي لا غني عنه لاختيار نائب الرئيسب الانتخابه ويجب أن يوافق الشعب علي الاختيار ليضفي شرعية حقيقية علي منصب نائب الرئيس موضحا أن نائب الرئيس يجب أن يكون هو نفسه رئيس مجلس الشيوخ. ويري الدكتور عثمان محمد عثمان استاذ العلوم السياسية بجامعة6 أكتوبر أن منصب نائب الرئيس في الدستور الجديد يجب أن يكون كما هو في النظام الامريكي علي أن تكون له صلاحيات ولكن إذا استمر الحال كما هو بالاعلان الدستوري فسوف تظل صلاحيات نائب الرئيس مقتصرة علي المهام التي يكلفه بها الرئيس فقط. ويضيف أنه إذا لم يتم انتخابه فإنه لن يمتلك شرعية حقيقية ولا يمكن أن يمثل الرئيس في ظل غياب الرئيس في ظروف خاصة في حال تعرضه لظروف صحية مثلا لذلك يجب أن تكون صلاحيات واختصاصات الرئيس واضحة بالدستور ولا تخضع للرئيس. ويوضح الدكتور هشام صادق استاذ القانون الدستوري بكلية الحقوق بجامعة الاسكندرية أن نائب الرئيس إذا لم يتم انتخابه سيكون جزءا من سكرتارية الرئيس وأن ينوب عن الرئيس في حالة وجود عائق مؤقت أو دائم يعيق الرئيس عن أداء مهامه ويجب أن يعالج الدستور ذلك حيث لا يحدث تخبط وألا يحدث جدل حول توليه أو رئيس المحكمة الدستورية أو رئيس مجلس الشعب كما كان بدستور71 وألا يكون مجرد منصب وهمي.