اشتعلت الخلافات داخل لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور حول سلطات رئيس الجمهورية وشروط الترشح للمنصب ومدة الرئاسة ومنصب نائب الرئيس واختصاصاته. تبنى عدد من الأعضاء أن تكون مدة الرئاسة 6 سنوات كما هي في دستور 71 ورأى البعض أن تكون 5 سنوات مثل مدة مجلس النواب، ورأى الآخرون أن تكون مدة الرئاسة 4 سنوات فقط كما جاء في الإعلان الدستوري الصادر في 30 مارس 2011، وهى نفس المدة التي انتخب على أساسها الدكتور محمد مرسي وبعد مناقشات مطولة تم التوافق أن تكون المدة 4 سنوات مثل النظام الأمريكي وأن تكون مدة الرئاسة دورتين متتاليتين فقط ولا يسمح تحت أي ظرف من الظروف أن يستمر الرئيس فترة ثالثة. وحول صلاحيات الرئيس مازال الخلاف مستمرا حول النظام الرئاسي أو النظام المختلط حيث يتبنى الإخوان الدعوة إلى النظام الرئاسي، في مقابل أصوات تنادى بالنظام المختلط الذي يمنح البرلمان سلطة متوازنة مع سلطة الرئيس باعتبار أنهما سلطتان منتخبتان من الشعب، ولا يجب أن تجور أحداهما على الأخرى. وشهدت اللجنة خلافات حادة جدا حول منصب نائب الرئيس، ففي الوقت الذي يرى الإخوان والسلفيون عدم النص عليه فى الدستور وأن يبقى من سلطة الرئيس تعيين نائب أو أكثر وأن يمنحه ما يشاء من اختصاصات يري الفريق الآخر أن عدم النص على صلاحيات النائب فى الدستور يجعله عديم الفائدة، أو كما قال الدكتور وحيد عبد المجيد أن عدم وجود نصوص دستورية باختصاص نائب الرئيس يجعله مثل "الزائدة الدودية" يمكن الاستغناء عنها تماما. وأشار أصحاب هذا الرأي إلى ضرورة أن يتم انتخاب نائب الرئيس مثل انتخاب الرئيس تماما مثل النظام الأمريكي وأن يتقدم المرشح للمنصب الرئاسي مع نائبه ليختارهما الشعب معا إلا أن هذا الرأي يلقى معارضة شديدة من الإخوان والسلفيين، ويبدو أنهم مصممون على عدم وجود أي نص دستوري خاص بنائب الرئيس باعتبار أن هذا حق أصيل لرئيس الجمهورية له أن يختار نائبا أو أكثر أو لا يختار كما أن من حقه منحه ما يريد من الاختصاصات وكان دستور 71 قد أفرد عددا من المواد لنائب الرئيس منها المادة رقم 82 التي تنص على أنه إذا قام بمانع يحول دون مباشرة رئيس الجمهورية لاختصاصه أناب عنه نائب الرئيس ولكنه ترك الحرية لرئيس الجمهورية فى تعيين نائب أو أكثر حيث نص على أنه لرئيس الجمهورية أن يعين نائبا له أو أكثر ولكنه لم يلزمه بذلك بعكس الإعلان الدستوري الذي نص على إلزام رئيس الجمهورية بتعيين نائب أو أكثر خلال 60 يومًا من انتخابه.