علي الرغم من أهمية البروتين الحيواني في حياة الانسان إلا أن حمايته من التلوث تمثل مشكلة كبيرة في مجازر محافظة سوهاج بسبب طفح مخلفات المواشي أثناء عملية الذبح نتيجة خروج مياه الصرف وعدم رفعها بالإضافة إلي أن المجازر تتوسط الكتل السكانية وتلوث البيئة وتهدد المواطنين بالأمراض المزمنة. يقول مرتضي عبد اللاه( موظف) إن معظم المجازر تتوسط الكتل السكانية ولسوء حالتها وحالة الصرف الصحي بها ينتج عنها روائح كريهة نتيجة الطفح المستمر لمياه المجازر برغم استغاثات الأهالي للمسئولين لنقل هذه المجازر خارج الكتل السكانية حرصا علي سلامتهم إلا أن المسئولين ضربوا عرض الحائط بكافة شكاوي المواطنين. يضيف عبد الساتر محمود عبد الله( موظف) أن الأهالي بمنطقة سيالة أولاد نصير وساقلتة وبرديس بالبلينا والمترددين علي مركز شباب مشطا يعانون الأمرين من وجود السلخانات بالقرب من المنازل ومركز الشباب بسبب طفح المجاري من المجازر وتسريبها خارج حدود المجزر حيث تنبعث الروائح الكريهة التي لاتطاق من مخلفات السلخانات والصرف الصحي. ويطالب بسرعة نقل جميع السلخانات خارج الكتلة السكانية حرصا علي صحة وسلامة المواطنين من التلوث البيئي. يشير سالم عبد العزيز( موظف) إلي أن معظم الوحدات البيطرية علي مستوي محافظة سوهاج تحتاج إلي عملية إحلال وتجديد وترميم منها وحدة المدمر والكشح والخيام والرشيدة وأولاد عزاز وجزيرة محروس يطالب بإحلال وتجديد هذه الوحدات وذلك لتقديم الخدمة البيطرية المتميزة لحماية الثروة الحيوانية. ويوضح علي عبد المطلب( موظف) ان بعض المجازر توجد بالقرب من الترع والمصارف التي تلقي بمخلفاتها بداخلها مما يؤدي إلي انتشار الروائح الكريهة وتراكم كميات كبيرة من الذباب فوقها وانتقال الأمراض والحشرات إلي اللحوم ومنها علي سبيل المثال سلخانة الحواويش وغيرها. ومن جانبه أكد الدكتور شعبان النقيب مدير عام المجازر انه تم التعاقد مع شركة مياه الشرب والصرف الصحي لرفع وكسح مخلفات الصرف الصحي من داخل المجازر بصفة يومية حرصا علي سلامة اللحوم وصحة المواطنين. وأضاف مدير عام المجازر أن المرحلة المقبلة سوف تشهد تطوير وتحديث كافة المجازر بالمحافظة ونقلها خارج الكتلة السكانية بعد تخصيص أراض جديدة للمجازر التي تتوسط الكتلة السكانية وذلك لحماية المواطنين من التلوث البيئي والأمراض المزمنة. وأشار إلي انه تم عمل محارق صحية وآمنة للتخلص من مخلفات المجازر للحد من التلوث البيئي بالإضافة إلي إعدام جميع اللحوم المصابة بأمراض خبيثة وتحرير محاضر للمخالفين حرصا علي صحة وسلامة المواطنين من نقل العدوي.