تأزمت العلاقة بين3 جامعات خاصة ومجلسها الأعلي علي خلفية اتهامات صريحة من المجلس لتلك الجامعات بمخالفتها للقانون والقرارات الجمهورية التي نظمت وقننت إنشاءها وحددت مهام كلياتها وأهدافها التعليمية. فقد اتهم مجلس الجامعات الخاصة ثلاث جامعات هي6 أكتوبر, ومصر الدولية, ومصر للعلوم والتكنولوجيا, بالتحايل علي القرار الجمهوري الصادر لكل منها بتضمينها شعبا بالكليات الطبية علي وجه الخصوص لم يشتمل عليها القرار وأن منها من حول تلك الشعب إلي كليات منفصلة وهو ما يخالف شروط إنشاء الجامعة الخاصة والقرار الصادر بشأنها وفي مقدمتها تضمين تلك الجامعات تخصصات غير نمطية بكلياتها وتقديم تخصصات لا تتوافر بالجامعات الحكومية. وما بين مجلس التعليم الخاص وممثلي الجامعات الثلاث يقف الطلاب بوصفهم الصورة النهائية لتلك الجامعات ووضع خريجيها ومدي الاعتراف بشهاداتهم من تلك الجامعات, وعاش كثير من طلاب تلك الجامعات وشعب كلياتها في حيرة من اتهامات المجلس والأحكام التي حصل عليها بعض زملائهم. وأكد الدكتور حاتم البلك رئيس مجلس التعليم الخاص أن الطلاب لن يضاروا من هذا الوضع, وأن المجلس يدرس حاليا حلين للمشكلة, أولهما الاعتراف بالشعبة التي درس بها الطالب بين قوسين بجانب اسم الكلية في شهادة التخرج وثانيهما عمل محاولات لتعديل القرارات الجمهورية الخاصة بتلك الجامعات للاعتراف بتلك الشعب علي أنها كليات قائمة. ووصف البلك وضع تلك الشعب بأنها جعلت الكليات شكلها مش مظبوط وأشار إلي أن المجلس لابد أن يوائم بين نص القرار الجمهوري وأحكام القضاء التي اعترفت بتلك الشعب, وأنه طلب من الجامعات الثلاث سرعة الرد حتي لا يتسبب الوضع الحالي في إلحاق الضرر بأي طالب.