تعتزم الرئاسة المصرية للاتحاد الإفريقى التركيز على عدد من الأولويات الرئيسية، وهى الأولويات التى تنطلق من أجندة عمل الاتحاد الحالية، وأولويات العمل المتفق عليها بالفعل فى إطار الاتحاد الإفريقى، ومن أهمها أجندة 2063، فضلا عن استعداد مصر لتسخير إمكاناتها وخبراتها لدفع عجلة العمل الإفريقى المشترك لآفاق أرحب، وحرصها على تحقيق مردود ملموس من واقع الاحتياجات الفعلية للدول والشعوب الإفريقية. وتمركزت الأولويات فى 6 محاور مهمة، ويتضمن المحور الأول التنمية الاقتصادية والاجتماعية التى تكون من خلال العمل على توفير فرص العمل الكريم وتعظيم العائد من الشباب الإفريقى، وتطوير المنظومة الزراعية الإفريقية والتوسع فى مشروعات الثروة السمكية ، بما يسهم فى تحقيق الأمن الغذائى. ويتمثل المحور الثانى فى مد جسور التواصل الثقافى والحضارى بين الشعوب الإفريقية بدعم الفعاليات الثقافية الإفريقية والتوسع فيها، وتحقيق التبادل الثقافة بين الدول الإفريقية، وتطوير منظومة الرياضة الإفريقية. أما المحور الثالث فيشمل الإصلاح المؤسسى والمالى للاتحاد الإفريقى، وتعزيز قدرات التجمعات الاقتصادية الإقليمية باعتبارها اللبنات الأساسية للجماعة الاقتصادية الإفريقية، بالإضافة إلى تطوير نظام متكامل لتقييم الأداء والمحاسبة وتعزيز الشفافية. ويضم المحور الرابع التكامل الاقتصادى والاندماج الإقليمى الذى يكون بالإسراع بدخول اتفاقية التجارة الحرة القارية حيز النفاذ خلال فترة الرئاسة المصرية للاتحاد، والعمل على دعم تنفيذ مشروعات البنية التحتية فى إفريقيا للمساهمة فى تحقيق التكامل الاقتصادى والاندماج الإقليمى وتعزيز التجارة البينية. ويتحدد المحور الخامس فى التعاون مع الشركاء وتعزيز التعاون بين الاتحاد الإفريقى وشركاء التنمة السلام الدوليين والإقليميين والمحليين. وينحصر المحور السادس فى السلم والأمن الذى يكون من خلال تعزيز الآليات الإفريقية لإعادة الإعمار والتنمية لمرحلة ما بعد النزاعات فى مصر خلال عام 2019، ودعم جهود الاتحاد الإفريقى فى استكمال منظومة السلم والأمن الإفريقية وإصلاح مجلس السلم والأمن الإفريقى، وتعزيز التعاون القارى لدحر الإرهاب وتجفيف منابع التطرف الفكرى، بالإضافة إلى دفع الجهود المبذولة لمنع النزاعات والوقاية منها والوساطة فى النزاعات، وإطلاق منتدى رفيع المستوى «منتدى أسوان للسلام والتنمية المستدامة».