حذر الدكتور عبدالرحمن الشرنوبي أمين عام المجمع العلمي من قيام مجموعات من البلطجية بالاعتداء بشكل يومي علي مبني المجمع حيث يقومون بالتجمع فوق الحواجز الأسمنتية التي تغلق شارع قصر العيني ورشق نوافذ وحديقة المجمع بالحجارة. ويحاولون التسلل إلي داخله بهدف سرقته كما تمت محاولة اشعال بعض الحرائق فيه. وطالب الشرنوبي بحماية المجمع خاصة انه قد حرر محضرا بقسم قصر النيل لتشديد حراسته ودعا المثقفين والمواطنين إلي الحفاظ علي هذه الثروة العلمية وحمايتها. وكشف الشرنوبي عن قيام سفير دولة الكويت بالقاهرة الدكتور رشيد الحمد أخيرا بتقديم مجموعات كبيرة من الكتب التراثية والثقافية والإسلامية للمجمع ومن المعروف ان مبني المجمع العلمي قد تعرض لحريق كبير اثناء احداث مجلس الوزراء في ديسمبر2011 وتم ترميمه بتكلفة6 ملايين جنيه تحملتها القوات المسلحة.