أثناء تربع جماعة الإخوان المسلمين على سدة الحكم مارس نظام مرسى ضغوطًا على الكليات العسكرية لإلحاق الطلاب المنتمين لتيار الإسلام السياسي، أدت فى النهاية إلى قبول أعداد كبيرة منه، وحظت الدفعة 109 حربية بعدد من طلاب الإخوان، وضمت الكلية الفنية العسكرية عددا كبيرا من الطلاب المنتمين للجماعة، بينهم ابن شقيق الرئيس المعزول. وبحسب القانون العسكرى فإن شروط الالتحاق بهذه الكليات تمنع قبول طالب ثبت انتماؤه أو أحد أقاربه من الدرجة الأولى لإحدى الجماعات الإسلامية خاصة الإخوان المسلمين أو القوى المعارضة الأخرى مثل اليسارية أو الناصرية، وهو ما تغير بفضل ثورة 25 يناير. اللواء دكتور ثروت جودة -الوكيل الأسبق للمخابرات العامة- كشف استبعاد 185 طالبا من إجمالى 2500 التحقوا بالكليات العسكرية دفعة 109 حربية، وذلك لفشلهم فى استكمال التدريبات، مؤكدا أن الطلاب الذين التحقوا بالكليات العسكرية -إبان تولى الرئيس المعزول سدة الحكم - بالمخالفة للشروط والمواصفات المحددة، وحدث تجاوز لإلحاقهم بهذه الكليات، سيتم فصلهم بناءً على الرسوب فى الكشف الطبى أو النفسى أو أيا من شروط القبول، لافتًا إلى أن هذه الكليات تقوم بعمل "فحص" دورى كل 6 شهور لهؤلاء الطلاب، يقصى على إثره من لا تنطبق عليه الشروط. ولفت إلى أن هؤلاء الطلاب سيخضعون للمراقبة كبقية زملائهم فى الدفعة، وعند ظهور أى انتماء تنظيمى لأى طالب، " ناصرى-يسارى-إسلامى- إخوانى" سيتم تحويله إلى كلية مدنية مناظرة، بينما إذا اكتشف الأمر عقب تخرج الطالب يتم إحالته للاستيداع لمدة 6 شهور، ثم فصله، لذلك من الأفضل لطلبة الكليات العسكرية الذين ينتمون لأى تنظيم سياسى الإعلان عن انتماءاتهم من البداية حتى لا تضيع فترة تعليمهم هباء. جودة شدد على أن نجل شقيق الرئيس المعزول محمد مرسى لن يحاسب بجرائم عمه، المتهم بقضايا تمس الأمن القومى المصرى، فى مقدمتها التخابر والتجسس لصالح دولة أجنبية، ولكن ستنطبق على الطالب نفس المعايير التى تطبق على زملائه. واتفق خبير الأمن القومى اللواء محمد رشاد مع ما قاله جودة بأن القانون العسكرى يمنع أى انتماءات سياسية أو حزبية داخل المؤسسة العسكرية، مؤكدا عدم وجود خطورة من الطلاب الإخوان بالكليات العسكرية، مع الوضع فى الاعتبار أن هؤلاء الطلاب ستتم متابعة تصرفاتهم ومراقبتهم من قبل المخابرات العسكرية والأمن الحربى، وإذا ثبت خلال دراستهم بالكليات قيامهم بأى نشاط سياسى أو حزبى أو نشاط يخالف النظام العام للقوات المسلحة سيتم التعامل معهم قانونيا من قبل القوات المسلحة، بما قد يؤدى إلى إحالتهم إلى المحكمة العسكرية التى ستقضى بفصلهم فى النهاية، أو الإحالة إلى الاستيداع - وهو خروج الضابط من الخدمة لفترة يعود بعدها إذا ثبت تحسن سلوكياته - أو التقاعد إذا كان قد تم تعيينهم. رشاد أكد أن أعداد الطلاب الإخوان بالكليات العسكرية معروفة لدى القوات المسلحة، ويوجد تقارير متابعة أمنية عن تصرفاتهم منذ قبول أوراقهم، مودعة فى ملف كل منهم، وكل من يثبت على مستوى قرابة الدرجة الرابعة للطلاب أنه من العناصر الإخوانية المتهمة فى قضايا مخلة بالشرف والأمانة سيتم فصلهم فورا ونقلهم إلى كلية مدنية، وفقا للقانون العسكرى المعمول به فى المحكمة العسكرية، وأنه حال تخرجهم سيتم وضعهم فى أعمال إدارية فى مناطق مختلفة، وفور وصولهم إلى رتبة "مقدم" سيكونون من الذين يتم تصفيتهم فى "لجان الصلاحية"، والتى تبدأ فى القوات المسلحة عند هذه الرتبة.