لعل أهم الألغام التى قد تنفجر فى وجه الرئيس القادم ،والتى قد تؤدى إلى فشله فى تحقيق الاستقرار،هو ملف المحاكمات ،والتى يرى كثيرون أنها غير عادلة،لأنها أضاعت حقوق الشهداء،حيث تواصلت أحكام القضاء ببراءة ضباط وأفراد الشرطة المتهمين بقتل الثوار والمتظاهرين أثناء الثورة،جاءت حيثيات الأحكام استنادا إلى أن الضباط كانوا فى حالة دفاع شرعى عن النفس، وهو ما تكرر مع ضباط السيدة زينب والسلام والزاوية الحمراء .. وهكذا فإن من قتل ثائرا خلال الثورة أصبح قريبا من البراءة والحيثيات معروفة دفاع شرعى عن النفس . وأسفر مهرجان البراءة للجميع والذى يتم باسم القانون عن حالة من اليأس من عدالة القانون ،وقدرته على القصاص للشهداء، وهو ما دفع أهالى شهداء السلام ،للقول بأن أحكام البراءة متوقعة .كما دفع عدد من أهالى الشهداء وخاصة فى السويس إلى إعلان مساعيهم للقصاص من قتلة أبنائهم بعيدا عن ساحات القضاء بعد أن فشل القانون فى رد حق أبنائهم الذين واجهوا إلى جانب القتل تشويها واتهامات بالبلطجة. وتوالت الوقفات الاحتجاجية لأهالى شهداء ،ومصابى ثورة 25 يناير، للتنديد بأحكام البراءة التى حصل عليها عدد من ضباط الشرطة فى قضايا قتل المتظاهرين، وبطء المحاكمة فى قضايا قتل المتظاهرين المختلفة ، حيث تمثلت أقصى عقوبة،بالحبس لمدة عام واحد مع إيقاف التنفيذ، وبراءة 3 آخرين، فى قضية قتل 22 شخصًا، وإصابة 44 آخرين من المتظاهرين. وكان المستشار حمدى بهاء الدين،تقدم ببلاغ إلى النائب العام يتهم فيه وزارة الصحة بالتستر على أعداد شهداء الثورة ، مؤكداً أن عدد الشهداء وصل إلى 823 شهيداً وليس 374 كما أعلنت وزارة الصحة.واتهم «بهاء الدين» فى بلاغه الذى حمل رقم 3940 عرائض النائب العام، كلا من وزارة الصحة ورئيس قطاع الطب العلاجى بالوزارة بالتعمد فى ضم 34 شهيدا كانوا بإحدى المستشفيات بالإسكندرية إلى أعداد الشهداء، بالإضافة إلى عدم ضم أعداد من الشهداء فى محافظات حلوان والقاهرة والقليوبية وغيرها إلى بيانات وزارة الصحة.انتقد جمال عيد رئيس الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان سياسة المجلس العسكرى وطريقة تعامله مع الأوضاع السياسية فى مصر بعد ثورة 25 يناير مؤكدا أن تولى المجلس إدارة شئون البلاد غير قانونى وأن المجلس يريد أن يحول مصر إلى يمن أخرى على عكس رغبة المصريين فى تحويلها إلى تونس.كما انتقد عيد مرافعة النيابة فى محاكمة مبارك قائلا :''مرافعة النيابة ترضى الناس بس تبرئ مبارك و لو كنت مكان القاضى أحمد رفعت كنت قلت للنيابة: فين مرافعتك يا أستاذ ،هات الأدلة.