وافق الدكتور حسن نافعة على الإنضمام للمجلس الإستشاري العسكري في حين رفضت جماعة الإخوان المسلمون الإنضمام للمجلس الإستشاري وعبروا عن أنه لا ينطبق مع تطلعات وتصورات حزب الحرية والعدالة وجماعة الإخوان المسلمين جدير بالذكر أنه وفي وقت سابق قال الدكتور محمد سعد الكتاتني الأمين العام لحزب الحرية والعدالة المنبثق عن جماعة الإخوان المسلمين أن الحزب إتخذ قرارا بعدم المشاركة في المجلس الاستشاري المقرر تشكيله خلال المرحلة الراهنة بسبب ما وصفه «بخروج فكرة المجلس عن النطاق الذي تصوره الحزب للدور الذي سيقوم به هذا المجلس». وأوضح الكتاتني- في تصريحات للصحفيين اليوم– ان استجابة حزب الحرية والعدالة للمشاركة في هذا المجلس الاستشارى كانت قائمة علي أنه هيئة استشارية لمعاونة المجلس الأعلي للقوات المسلحة في إدارة الشأن العام خلال الفترة الإنتقالية وإبداء الرأي في التشريعات الملحة خلال هذه المرحلة وحتي يتم الإنتهاء من انتخابات مجلس الشعب . وأضاف إنه بعد المشاركة في الجلسات الأولي الخاصة بالمشارورات ونتيجة للعديد من التصريحات الصحفية تبين أن المهام التي سيقوم بها المجلس الاستشاري ستكون أبعد من ذلك بكثير وهو ما وصفه بأنه سوف يمثل إنتقاصا للمؤسسة التشريعية، وتدخلا في إعداد الجمعية التأسيسية للدستور القادم، مما دفعنا إلي الإعتذار عن المشاركة في هذا المجلس.