أعلن قيس سعيد موقفه صراحة من حركة النهضة الإخوانية، وتحدث عن القضية الخاصة بالتنظيم السرى للحركة، وذلك قبل فوزه فى الانتخابات الرئاسة التونسية، وخلال المناظرة التلفزيونية بين مرشحى الرئاسة التونسية. قيس سعيّد، حينها علق على الجهاز السرى لحركة النهضة الإخوانية تلك القضية التى أثارت الشارع التونسى خلال الفترة الماضية واتهم سياسيون تونسيون لهذا التنظيم السرى لحركة النهضة بالتورط فى اغتيالات سياسية، حيث قال إن القانون يجب أن يطبق على الجميع من دون استثناء، متابعا:" نرفض وجود أي جهاز خارج إطار الدولة".
وأوضح المرشح الرئاسي قيس سعيد، أن قضية الجهاز السري لحركة النهضة من مسؤولية القضاء، مؤكدا ضرورة تشكيل محكمة مختصة تبحث في قضية الجهاز السري لحركة النهضة. هذه التصريحات تفتح الباب واسعا حول الإجراءات التى سيتخذها الرئيس التونسى الجديد بشأن ملف حركة النهضة وتنظيمها السرى، خاصة أن هذا التنظيم السرى أثار غضب الشارع التونسى نظرا للجرائم التى ارتكبها بالإضافة إلى دوره فى دفع الشباب التونسى للانخراط فى الجماعات الإرهابية فى سوريا والعراق. عبد الشكور عامر، الخبير فى شؤون الحركات الإسلامية، قال إن حديث قيس سعيد حول ملف التنظيم السرى لحركة النهضة يؤكد أن لديه عزم بأن يفتح ملف هذه الحركة وجرائم هذا التنظيم السرى خلال الفترة المقبلة . وأضاف الخبير فى شؤون الحركات الإسلامية، أن هذا التنظيم السرى ارتكب جرائم عديدة باسم الدين، وأحدث حالة غضب عارمة لدى الشارع التونسى، خاصة بعدما تورط فى جرائم اغتيالات سياسية وتسفير الشباب التونسى إلى سوريا للمشاركة مع الجماعات الإرهابية. ولفت عبد الشكور عامر، إلى أن أى رئيس جيدد لتونس سيكون من ضمن أولوياته هو مواجهة هذا التنظيم السرى لهذه الحركة الذى يعد أكبر تهديد لتونس، ويسعى لأن يكون دولة موازية وبالتالى فإن حديث قيس سعيد حول أنه لن يسمج بوجود جهاز خارج إطار الدولة يؤكد أنه لديه خطة واضحة لمواجهة هذه الحركة. ومن جانبه قال سامح عبد الحميد، الداعية السلفى، إن الانتخابات الرئاسية التونسية نبذت الإخوان، والمنتظر أن الشعب التونسى، فقد حظي الإخوان بهزيمة ساحقة، بعد أن رفضهم الشعب التونس من أول جولة للانتخابات الرئاسية، وكانت الإعادة بعيدًا عن مُشاركة الجماعة الإرهابية، فهم لم يصعدوا ولم يرتقوا للمرحلة الثانية، حيث خرج مرشح الإخوان "عبد الفتاح مورو" مُبكرًا من سباق التنافس على رئاسة تونس، بعد أن حصل على نسبة ضئيلة أظهرت هُزال الجماعة، وضعف قدرتها على الحشد الجماهيري للتصويت لها.
