ارتبط الزعيم جمال عبدالناصر بالبابا كيرلس السادس البطرك المحبوب لدى اقباط مصر بعلاقة استثنائية لم تربط احد زعماء مصر فى تاريخها ببطرك للاقباط من قبل وكتب محمد حسنين هيكل في كتابه خريف الغضب عن تلك العلاقة الاستثنائية وقال عنها: كانت العلاقات بين جمال عبدالناصر وكيرلس السادس علاقات ممتازة؛ وكان بينهما إعجاب متبادل؛ وكان معروفا أن البطريرك يستطيع مقابلة عبدالناصر فى أى وقت يشاء». وفى لقاء ودى خاص بين عبدالناصر والبابا كيرلس تم فى بداية سيامته بطريركا عام 1959 قال البابا كيرلس لعبدالناصر: «إنى بعون الله سأعمل على تعليم أبنائى معرفة الله وحب الوطن ومعنى الأخوة الحقة ليشب الوطن وحدة قوية لديها الإيمان بالله والحب للوطن
كما كتب عنها محمود فوزى فى كتابه «البابا كيرلس السادس وعبدالناصر» أن البابا كيرلس السادس زار الرئيس ذات يوم فى منزله؛ فجاء إليه أولاده. وكل منهم معه حصالته؛ ثم وقفوا أمامه؛ وقال له الرئيس «أنا علمت أولادى وفهمتهم إن اللى يتبرع لكنيسة زى اللى يتبرع لجامع، والأولاد لما عرفوا إنك بتبنى كاتدرائية صمموا على المساهمة فيها. وقالوا حنحوش قرشين؛ ولما ييجى البابا كيرلس حنقدمهم له، وأرجو ألا تكسفهم وخذ منهم تبرعاتهم» فأخرج البابا كيرلس منديله ووضعه على حجره ووضع أولاد عبدالناصر تبرعاتهم؛ ثم لفها وشكرهم وباركهم.
وتوسعت علاقة الزعيم بالبطرك مع بداية سيامته بطريركا حتى وصلت إلى الزعيم رغبة البطرك فى بناء كاتدرائية جديدة فى أرض الأنبا رويس بالعباسية؛ ولم يكن لديه الاعتمادات المالية الكافية؛ ويروى محمد حسنين هيكل أنه تلقى دعوة شخصية من البابا كيرلس للقائه؛ فتوجه إليه وبصحبته الانبا صموئيل وكان يشغل منصب أسقف الخدمات العامة والاجتماعية، وفى هذا اللقاء فاتح البابا هيكل فى الموضوع وأبدى له حرجه من مفاتحة الرئيس فى الأمر مباشرة حتى لا تكون فيه إثارة أية حساسيات، وعندما فاتح هيكل الرئيس فى الأمر أبدى تفهما كاملا؛ فكان يرى أهمية وحقوق الأقباط فى النسيج المصرى الواحد؛ ثم إنه كان على وعى كامل بالمركز الممتاز للكنيسة القبطية ودورها الأساسى فى تاريخ مصر. وهكذا قرر أن تساهم الدولة بنصف مليون جنيه فى بناء الكاتدرائية الجديدة؛ نصفها يدفع نقدا ونصفها الآخر يدفع عينا بواسطة شركات المقاولات التابعة للقطاع العام والتى يمكن أن يعهد إليها بعملية البناء. وبالفعل تم وضع الحجر الأساسى ببناء الكاتدرائية فى 24 يوليو 1965 بحضور الرئيس عبدالناصر والبابا كيرلس السادس.
وألقى الرئيس عبدالناصر خطابا قال فيه: «أيها الأخوة؛ يسرنى أن أشترك معكم اليوم فى إرساء حجر الأساس للكاتدرائية الجديدة. فحينما تقابلت أخيرا مع البابا فى منزلى؛ فاتحته فى بناء الكاتدرائية؛ وأن الحكومة مستعدة للمساهمة فى هذا الموضوع، ولم يكن القصد من هذا فعلا المساهمة المادية، فالمساهمة المادية أمرها سهل ويسير؛ ولكننى كنت أقصد الناحية المعنوية، إن هذه الثورة قامت أصلا على المحبة؛ ولم تقم أبدا بأى حال من الأحوال على الكراهية والتعصب، هذه الثورة قامت وهى تدعو للمساواة؛ ولتكافؤ الفرص ؛والمحبة والمساوة؛ لأنه بالمحبة والمساواة؛ وتكافؤ الفرص تستطيع أن تبنى المجتمع الصحيح السليم الذى نريده والذى نادت به الأديان».
محمود فوزى في كتابه «البابا كيرلس السادس وعبدالناصر»، أكد أن البابا كيرلس السادس زار الرئيس ذات يوم فى منزله؛ فجاء إليه أولاده. وكل منهم معه حصالته؛ ثم وقفوا أمامه؛ وقال له الرئيس «أنا علمت أولادى وفهمتهم إن اللى يتبرع لكنيسة زى اللى يتبرع لجامع، والأولاد لما عرفوا إنك بتبنى كاتدرائية صمموا على المساهمة فيها. وقالوا حنحوش قرشين؛ ولما ييجى البابا كيرلس حنقدمهم له، وأرجو ألا تكسفهم وخذ منهم تبرعاتهم» فأخرج البابا كيرلس منديله ووضعه على حجره ووضع أولاد عبدالناصر تبرعاتهم؛ ثم لفها وشكرهم وباركهم.
وعندما أعلن الرئيس الراحل خطاب التنحي في 9 يونيو 1967؛ توجه البابا كيرلس إلى منزله بمنشية البكرى بصحبة ثلاثة مطارنة ونحو خمسة عشر كاهنا، وعندما وجدوا طوفان البشر محيطا بمنزل الرئيس؛ صدرت التعليمات من رئاسة الجمهورية أن تقوم سيارة بفتح الطريق أمام سيارة البابا.
وعندما دخل المنزل قال أنا عايز أقابل الريس؛ فأخبروا الرئيس برغبة البابا فى مقابلته؛ فتحدث إليه فى التليفون قائلا: «أنا عمرى ما اتأخرت عن مقابلتك فى بيتى فى أى وقت، لكننى عيان والدكاترة من حولى»، فقال له البابا: «طيب عاوز أسمع منك وعد واحد»، فرد عليه الرئيس «قل يا والدى» فقال له البابا «الشعب بيأمرك أنك ما تتنازلش» فرد عليه الرئيس «وأنا عند الشعب وأمرك» . وعندما أعلن السيد أنور السادات أن الرئيس قد نزل على إرادة الشعب؛ توجه قداسته صباح يوم 10 يونيو إلى القصر الجمهوري بالقبة وكتب كلمة فى سجل الزيارات أعلن فيها عن فرحته بنزول عبدالناصر على إرادة الشعب والعودة لممارسة مهامه كزعيم للأمة.
