ذكر التقرير المبدئي لخبراء المعمل الجنائي بمديرية أمن الأقصر، أن سبب الحريق الذي شب بالباخرة السياحية "نايل بايونير 2" في الساعات الأولى من صباح اليوم الجمعة هو التخزين الخاطئ وعدم التهوية للأغطية والمفروشات التي تحتوى على ألياف صناعية، ما أدى لاشتعالها ذاتيا. وكان اللواءان مصطفى بكر، مدير أمن الأقصر وممتاز فتحي، مساعد وزير الداخلة لشرطة السياحة والآثار قد تلقيا إخطارا من اللواء مدحت النادي، مساعد مدير الإدارة العامة لشرطة السياحة والآثار لقطاع الصعيد باشتعال النيران بالباخرة السياحية نايل بايونير 2، في الساعات الأولى من صباح اليوم الجمعة، أثناء رسوها بمرسى وزارة السياحة بمدينة الأقصر وهى خالية من السياح، مشيرا إلى أن النيران اشتعلت في مخزن للمفروشات بالطابق الثاني وامتدت للطابق الثالث، ونجحت جهود رجال لحماية المدنية والإنقاذ من تعويم الباخرة بعيد عن بقية البواخر الملاصقة لها والسيطرة على النيران ومنع امتدادها لبقية الباخرة واقتصار الحريق على مؤخرة الباخرة مما قلل من حجم الخسائر .