رغم إعلان مشيخة الأزهر عن نجاحها فى حسم الجدل الدائر بين القوى السياسية، داخل الجمعية التأسيسية، حول تعديل نص المادة الثانية من الدستور، بالإبقاء على ما جاء فى دستور 1971، بأن «مبادئ الشريعة الإسلامية المصدر الرئيسى للتشريع»، إلا أن التقرير النهائى الذى أصدرته اللجنة التشريعية لمجلس الشورى، حول تصوراتها لأبواب الحريات وسيادة القانون وسلطات الدولة فى الدستور الجديد، عاد ليفتح الجدل مجددا حول تغيير المادة، بعدما حذفت كلمة «مبادئ» من النص، لتصبح «الإسلام دين الدولة، واللغة العربية لغتها الرسمية، والشريعة الإسلامية المصدر الرئيسى للتشريع». وأضاف التقرير مواد جديدة إلى باب الحريات والحقوق العامة، منها المادة رقم 45، التى تنص على أن «الحرية حق مصون لكل مصرى، بما لا يمس المقومات الأساسية للمجتمع، ولا يلحق الضرر بالآخرين»، ومادة جديدة تتعلق بالمصريين فى الخارج تنص على أن «تكفل الدولة حماية حقوق المصريين بالخارج، والدفاع عن كرامتهم.
وفيما يتعلق بحق الإضراب، أضافت اللجنة مادة جديدة نصها: «الحق فى الإضراب مكفول بما لا يمس المصلحة الاجتماعية والاقتصادية للدولة، ولا يخل بحسن سير المرافق العامة»، كما أضافت مادة جديدة تضمن للمواطنين حقهم فى الحصول على المعلومات والبيانات والإحصاءات من كل الجهات، بما لا يهدد كيان الدولة داخليا أو خارجيا، بالإضافة إلى مادة تحظر استخدام أى أدوات فى السجون تتنافى مع الإنسانية أو تعرض صحة السجين للخطر. كما اقترحت اللجنة مادة جديدة برقم 18، تنص على أن «اللغة العربية والتربية الدينية مادتان أساسيتان فى مناهج التعليم بجميع أنواعه، ولا يجوز تدريس مادة أخرى غير العربية، كلغة أم للمصريين، فى أى مؤسسة تعليمية»، ونصت المادة 63 على أنه «يحق للمواطنين الاجتماع الخاص فى هدوء، غير حاملين سلاح، ودون الحاجة إلى إخطار، ولا يجوز لرجال الأمن حضور اجتماعاتهم الخاصة ولا العامة ولا المواكب».
واقترحت اللجنة تغيير اسم مجلس الشورى إلى مجلس الشيوخ، وألا يقل عدد أعضائه عن 220 عضوا، يتم انتخاب 180 منهم بالاقتراع السرى المباشر، والأربعين الآخرين من أصحاب الكفاءات، ليتم انتخابهم من جانب الأعضاء المنتخبين.
وفى المادة قبل الأخيرة من مشروع الدستور الذى تقدمت به «تشريعية الشورى»، جاء النص على مادة انتقالية، تنص على أن «يمارس رئيس الجمهورية المنتخب قبل الاستفتاء على هذا الدستور سلطاته، على النحو المبين فى هذا الدستور، وأن يكمل مدته الدستورية، ويباشر البرلمان المنتخب بمجلسيه قبل إقرار هذا الدستور، وأن يكملا مدتهما الدستورية