أوصى تقرير لجنة تقصي حقائق في أحداث إمبابة والتي شكلتها ثماني منظمات مجتمع مدني بضرورة تغيير وتعديل البنية التشريعية والقانونية في مصر بإجراء تعديلات على كافة القوانين التي ترسخ التمييز بين أفراد المجتمع ومواءمتها مع قيم المواطنة والتسامح، وتغليظ العقوبات التي تحض علي ازدراء الأديان والمتسببة في أحداث الفتنة الطائفية. وقال محمد زارع مدير المنظمة العربية للاصلاح الجنائي: "إن التقرير أوصى أيضا بضرورة الإسراع بإصدار قانون دور العبادة الموحد، وتغيير معالجة ملف الاحتقان الطائفي من المعالجة الأمنية إلي المعالجة القانونية والسياسية واسعة النطاق، والعمل على إطلاق حرية الاعتقاد وبدون قيود"، بالإضافة إلى معالجة القصور الأمني بأسرع ما يمكن وخاصة في المناطق الفقيرة والعشوائية، وضرورة قيام الجهات الأمنية والسياسية وضع خطة عاجلة لحماية المنشآت الدينية والحيوية. وأضاف زارع: "أن التوصيات شملت ضرورة وضع الخطط التنموية لمنطقة إمبابة والمناطق المشابهة تفاديا لتكرار الأحداث، وأنه على الدولة أن تعمل فورا وفق خطة محددة وقصيرة الأجل على وقف ظاهرة أعمال البلطجة والخارجين على القانون والهاربين من السجون الذين يمثلون الذراع الطولى لمحركي أحداث الفتنة الطائفية والتخريب في مصر، ودعوة مؤسسات حقوق الإنسان لتبني خطة شاملة في كافة محافظات الجمهورية تركز على نشر الوعي بمفهوم المواطنة والتسامح والتعايش السلمي بين المواطنين. وأكد شريف هلالي مدير المؤسسة العربية لدعم المجتمع المدني وحقوق الإنسان على أن التوصيات تطرقت إلى دعوة الأحزاب السياسية والنقابات والروابط وأندية الشباب والاتحادات والجامعات والمدارس لإدماج مفهوم المواطنة والتسامح في كافة الأنشطة والبرامج التي يعملون عليها، ودعوة رجال الدين الإسلامي والمسيحي لتجديد وتغيير الخطاب الديني التقليدي لاسيما على صعيد اللغة وعليهم تبني لغة بسيطة تصل إلى عقول وقلوب المواطنين البسطاء، ودعوة كافة وسائل الإعلام أيضا إلى الكف عن إثارة النعرات الطائفية والتعاطي مع إشكالية الفتنة الطائفية بمهنية وموضوعية وحرفية تدفع باتجاه حل المشكلات، بالاضافة إلى دعوة جميع الأطراف المجتمعية للعمل علي ترسيخ مبادئ الدولة المدنية واعتماد المواطنة معيارا أساسيا بين المواطنين. وقال حجاج نايل مدير البرنامج العربي لنشطاء حقوق الإنسان: "إن التقرير عرض لتاريخ الفتنة الطائفية في مصر، وخلص إلى عدة أسباب كانت الدوافع الرئيسية في أحداثها على مر التاريخ، وتشمل غياب تطبيق القانون واكتفاء الدولة بالجلسات العرفية، وتعثر مسألة بناء الكنائس، وتغيير الديانة من مسيحي إلى مسلم والعكس، بالإضافة إلي الخلافات المالية حيث يحشد كل طرف أعضاء وتبرز هنا مسألة الدين، والشائعات كما حدث في أحداث منشية ناصر مؤخرا". يذكر أن المنظمات التي شاركت في التقرير هي المنظمة العربية للاصلاح الجنائي، المنظمة العربية لدعم المجتمع المدني وحقوق الإنسان، البرنامج العربي لنشطاء حقوق الإنسان، جمعية حقوق الإنسان لمساعدة السجناء، جمعية الأمم لحقوق الإنسان، جمعية الدفاع العربي، مركز سيزا نبراوي للقانون والجمعية المصرية للتربية المدنية وحقوق الإنسان.