أوصي تقرير لجنة تقصي حقائق في أحداث امبابة، والتي شكلتها ثمانية منظمات مجتمع مدني، بضرورة تغيير وتعديل البنية التشريعية والقانونية في مصر بإجراء تعديلات علي كافة القوانين التي ترسخ التمييز بين أفراد المجتمع وموائمتها مع قيم المواطنة والتسامح، وتغليظ العقوبات التي تحض علي ازدراء الأديان والمتسببة في أحداث الفتنة الطائفية. وقال محمد زارع مدير المنظمة العربية للاصلاح الجنائي - إحدي المنظمات المشاركة في التقرير - إن التقرير أوصي أيضا بضرورة الإسراع بإصدار قانون دور العبادة الموحد، وتغيير معالجة ملف الاحتقان الطائفي من المعالجة الأمنية إلي المعالجة القانونية والسياسية واسعة النطاق، والعمل علي إطلاق حرية الاعتقاد وبدون قيود بالإضافة إلي معالجة القصور الأمني بأسرع ما يمكن وخاصة في المناطق الفقيرة والعشوائية، وضرورة قيام الجهات الأمنية والسياسية وضع خطة عاجلة لحماية المنشآت الدينية والحيوية. وأضاف أن التوصيات شملت ضرورة وضع الخطط التنموية لمنطقة إمبابة والمناطق المشابهة تفاديا لتكرار الأحداث، وأنه علي الدولة أن تعمل فورا وفق خطة محددة وقصيرة الأجل علي وقف ظاهرة أعمال البلطجة والخارجين علي القانون والهاربين من السجون الذين يمثلون الذراع الطولي لمحركي أحداث الفتنة الطائفية والتخريب في مصر، ودعوة مؤسسات حقوق الإنسان لتبني خطة شاملة في كافة محافظات الجمهورية تركز علي نشر الوعي بمفهوم المواطنة والتسامح والتعايش السلمي بين المواطنين. وأكد شريف هلالي مدير المؤسسة العربية لدعم المجتمع المدني وحقوق الإنسان - إحدي المنظمات المشاركة في التقرير - ان التوصيات تطرقت إلي دعوة الأحزاب السياسية والنقابات والروابط وأندية الشباب والاتحادات والجامعات والمدارس لإدماج مفهوم المواطنة والتسامح في كافة الأنشطة والبرامج التي يعملون عليه، ودعوة رجال الدين الإسلامي والمسيحي لتجديد وتغيير الخطاب الديني التقليدي لاسيما علي صعيد اللغة وعليهم تبني لغة بسيطة تصل إلي عقول وقلوب المواطنين البسطاء، ودعوة كافة وسائل الإعلام أيضا إلي الكف عن إثارة النعرات الطائفية والتعاطي مع إشكالية الفتنة الطائفية بمهنية وموضوعية وحرفية تدفع باتجاه حل المشكلة، بالاضافة إلي دعوة جميع الأطراف المجتمعية للعمل علي ترسيخ مبادئ الدولة المدنية واعتماد المواطنة معيارا أساسيا بين المواطنين. وقال حجاج نايل مدير البرنامج العربي لنشطاء حقوق الإنسان إن التقرير عرض لتاريخ الفتنة الطائفية في مصر، وخلص إلي عدة أسباب كانت الدوافع الرئيسية في احداثها علي مر التاريخ، وتشمل غياب تطبيق القانون واكتفاء الدولة بالجلسات العرفية، وتعثر مسألة بناء الكنائس، وتغيير الديانة من مسيحي إلي مسلم والعكس بالإضافة إلي الخلافات المالية حيث يحشد كل طرف اعضاء وتبرز هنا مسألة الدين، والشائعات كما حدث في أحداث منشية ناصر مؤخرا.