عندما أصدرت الخارجية الأمريكية تقريرا زعمت فيه أن حرية العقيدة فى مصر «مقيدة»، وأن الأقليات تعانى من اضطهاد دينى وعرقى، توقع الكثيرون أن تصدر المؤسستان الدينيتان الأهم فى مصر (الأزهر والكنيسة) بيانا مشتركا للرد عليها. لكن مجمع البحوث الإسلامية أصدر بيانا للرد، منفردا. والكنيسة الكاثوليكية ردت ببيان حرصت فيه على تأكيد عمق علاقتها بشيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب، فيما رفضت الكنيسة القبطية الأرثوذكسية التعليق رسميا على البيان، وقال مصدر بالمقر البابوى «التعليق على بيان الخارجية الأمريكية، أمر يخص الحكومة، ولا شأن لنا كمؤسسات دينية بها، ونحن نؤكد على عمق علاقتنا بشيخ الأزهر». المتحدث باسم الأزهر، السفير محمد رفاعة الطهطاوى، أوضح أن مسألة توتر العلاقات بين الأزهر والكنيسة كلام عار تماما من الصحة، مدللا بذلك إنشاء لجنة حوار بين الأزهر والكنيسة الأنجليكانية، إلى جانب فتح باب المشاورات والاتصالات واللقاءات المستمرة بين الأزهر والكنيسة الأرثوذكسية، لتشكيل لجنة مشتركة وتكون دائمة لمحاولة احتواء أى سبب من أسباب سوء الفهم وتعزيز الوحدة الوطنية.