كشف القيادي محمد عبد الله شلح عضو مجلس الشورى، وأمين سر لجنة الرقابة والانضباط في حركة الجهاد الإسلامي في فلسطين، وجود خلافات شديدة داخل بالحركة منذ سنوات؛ بسبب عدم وجود لائحة داخلية تحكم العملية الديمقراطية داخل الحركة. واستبعد شلح أن يكون شبح الانقسام يهدد وحدة الحركة، وقال: "رغم كل ما يحدث، فنحن ندين لقيادة الحركة في الخارج بالولاء، ونكن للأخوة في قيادة الساحة في غزة كل الاحترام، وقلوبنا وعقولنا مفتوحة للحوار لحل كل الخلافات والإشكالات". وأشار إلى أن هناك "حراكاً سلمياً ديمقراطيا داخل الصف القيادي والقاعدي في الحركة في قطاع غزة"، وقال إنه لا يوجد منذ نشأة الحركة قبل أكثر من 3 عقود أي قانون أو نظام يحكم أداءها، وعزا هذا المطلب إلى أمور عدة، من بينها أن "الحركة تنمو وتتسع يوماً بعد يوم، خصوصاً بعد الانقسام في غزة، فضلاً عن وجود فساد مالي وإداري في الحركة". وفضل شلح -وهو شقيق الأمين العام للحركة- الحديث في المرحلة الحالية عن "الخلافات التنظيمية فقط، وعدم الخوض في أي خلافات أخرى، على أمل أن تتدخل قيادة الحركة في الخارج، خصوصاً الدكتور رمضان والنخالة، لحلها".