رصدت مؤسسة حرية الفكر والتعبير 438 حالة انتهاك للحريات الإعلامية خلال عام 2016، بلغت ذروتها فى شهرى يناير وأبريل، وتصدرت القاهرة قائمة المحافظات التى وقعت بها الانتهاكات بواقع 279، تلتها محافظة الجيزة ب107 انتهاكات. وبحسب التقرير السنوى للمؤسسة التى حصلت «الشروق» على نسخة منه، حمل عنوان «أكثر من سلطة للقمع.. عن حرية التعبير فى مصر»، فإن المنع من أداء العمل الإعلامى كان أبرز الانتهاكات التى تعرض لها الصحفيون خلال 2016، بواقع 193 حالة من اجمالى الحالات التى تم رصدها. وجاء فى المرتبة الثانية من الانتهاكات التى يتعرض لها الصحفيون الاحتجاز غير القانونى بواقع 62 حالة، بينما كانت الاجراءات القضائية ضد الصحفيين فى المرتبة الثالثة بواقع 61، كما رصدت المؤسسة 42 حالة تعدٍ بالضرب أو إصابة للصحفيين أثناء تأدية عملهم. وحول جهة الاعتداء تصدرت الجهات الأمنية الانتهاكات بواقع 191 حالة، فيما تلاها المدنيون كأطراف معتدية بواقع 86. وقسم التقرير حريات التعبير خلال 2016 إلى 6 محطات أولها التغييرات الطارئة على البيئة التشريعية والقانونية، وثانيها حادث اقتحام نقابة الصحفيين، والحكم بحبس النقيب ووكيلى المجلس، وثالثها حرية الإبداع التى وصفها التقرير أنها تتجه من السيئ إلى الأسوأ، ورابعها تداول المعلومات فى مصر ومزيد من الخطوط الحمراء. كما تناول التقرير الحرية الاكاديمية والتدخلات والممارسات فى الفترة الاخيرة، فضلا عن الحقوق الرقمية وحجب وانتهاك الخصوصية. وفيما يتعلق بالبيئة التشريعية خلال 2016 أشار التقرير إلى واقعة تقديم نائبين بالبرلمان مشروع قانون يلغى عقوبة الحبس فى قضايا النشر المتعلق بخدش الحياء للجنة التشريعية بالبرلمان، إلا أن 21 عضوا من أعضاء اللجنة رفضوا المشروع مقابل 6 نواب فقط وافقوا عليه، فضلا عن اشارته لقانون التظاهر وبطلان المحكمة الدستورية للمادة 10 من القانون. ولفت التقرير إلى التوسع فى إجراءات الافراج الشرطى والتدابير الاحترازية، فضلا عن سرعة الإحالة فى محاكم الموضوع مثلما حدث مع متظاهرى جمعة الأرض والحكم عليهم فى مدة وجيزة. وأشار التقرير إلى أن عام 2016 لم يشهد فقط انتهاكات كمية لكنه شهد انتهاكات نوعية، أبرزها اقتحام نقابة الصحفيين من قبل قوات الأمن وإحالة النقيب يحيى قلاش ووكيلى المجلس جمال عبدالرحيم وخالد البلشى للمحاكمة والحكم عليهم بالحبس.