يقع هذا المسجد فى أحد الشوارع المتفرعة من شارع محمد على قريبا من القلعة، أنشأه أحد مماليك الملكة صفية زوجة السلطان مراد الثالث العثمانى ووالدة السلطان محمد الثالث، وسمى باسمها وهو مبنى على مثال المساجد العثمانية. يتكون من صحن مكشوف تحيط به أربعة أروقة تغطيها قباب محمولة على عقود ترتكز على أعمدة رخامية، وبالحائط الشرقى لهذا الصحن ثلاثة أبواب، أهمها الأوسط منها، ثبت فوقه لوحة تذكارية كتب بها أن هذا الجامع أنشأته والدة السلطان محمد خان على يد إسماعيل أغا ناظر الوقف سنة 1019 هجرية. وتؤدى هذه الأبواب الثلاثة إلى حيز مربع يبرز من جانبه الشرقى دخلة القبلة بصدرها المحراب وإلى جواره منبر رخامى. وقد بنى المسجد مرتفعا عن مستوى الطريق، ووجهاته تسودها البساطة التامة، وأمام كل باب من أبوابه سلم دائرى ضخم، ومنارته على الطراز العثمانى وهى أسطوانية الشكل لها دورة واحدة وتنتهى بمسلة مخروطية. ويعد مسجد الملكة صفية أحد المزارات السياحية المهمة فى القاهرة كما أن له مكانة خاصة عند أهالى منطقة محمد على والقلعة ويزداد ارتباطهم بالمسجد خلال شهر رمضان المبارك.