رغم أن جماعة الإخوان المسلمين وحزبها الحرية والعدالة، هي التي تتصدر المشهد السياسي في مصر بعد أحداث 25 يناير، والأكثر تواجدا وتنظيما في الشارع المصري، إلا أنها مازالت ضمن المنظمات الإرهابية حسب التصنيف الروسي ، فروسيا كانت أدرجت الجماعة في28 يوليو 2006 ضمنقائمة ضمت 17 منظمة تصنفها كإرهابية، ومن يومها وحتى الآن ولم يتم رفع إسم الجماعة من هذه القائمة ، وسبب ذلك هو دعم الجماعة لمجاهدي الشيشان ضد روسيا في تسعينيات القرن، الماضي. على العكس تماما بدت الصورة مغايرة بالنسبة للولايات المتحدةالأمريكية، والتي فتحت باب المفاوضات مع الإخوان، وبدأت تتعامل مع الجماعة على أنها الفصيل السياسي الأقوى والأهم في مصر خلال الفترة الحالية، برغم أنه كان هناك تقرير أمريكي صدر في 2008 عن "المشروع الأمريكي الاستقصائي لمكافحة الإرهاب" قال إن جماعة الإخوان \تستغل نشاطها لبناء قاعدة دعم كبيرة داخل الطبقات الفقيرة بمصر وأن لها دورا في تعزيز الإرهاب ضد مصالح أمريكا وأنهم ما زالوا يتحركون برأي مؤسس الجماعة حسن البنا، بأن الإسلام سوف يسود العالم، وأنهم يسعون إلى استعادة الخلافة الإسلامية. أيضا قبل ذلك كانت هناك دول قد وضعت الإخوان على قائمة المنظمات الإرهابية، مثل كازاخستان، كما أنه في 7 مايو 2009 أعلنت وكالة أنباء نوفوستي الرسمية الروسية أن منظمة معاهدة الأمن الجماعي والتي تشارك فيها روسيا وكازاخستان وبيلاوروسيا وأرمينيا وقرجيزيا وطاجيكستان وأوزبكستان قامت بتوسيع قائمة المنظمات الإرهابية إلى 31 متضمنة جماعة الإخوان المسلمين. وكان الرئيس المصري السابق حسني مبارك قد اتهم في عام 2004 جماعة الاخوان المسلمين بأنها "جماعة لها تاريخ إرهابي" وذلك في حوار صحفي له مع مجلة دير شبيجل الألمانية، حيث قال "ان جماعة الاخوان المسلمين لها تاريخ ارهابي لقد قتلوا واحداً من رؤساء الوزارة قبل الثورة لاختلاف آرائهم السياسية وفي عام 1954 حاولوا قتل الرئيس جمال عبد الناصر وكرروا محاولاتهم عدة مرات. بينما كانت الجماعة دائما ترفض وصفها بالجماعة الإرهابية، مؤكدة على إدانتها للعنف والإ{هاب، وأن ما حدث في الماضي كانت أعمال فردية أستنكرها الإخوان ومرشدهم حسن البنا حينها، وعلق د. محمد حبيب النائب الأول للمرشد علي محاولة قتل جمال عبد الناصر في حادثة المنشية قائلا: إن هذا الحادث تمثيلية كبرى أحكم تدبيرها بهدف القبض على الإخوان المسلمين والزج بهم في السجون والمعتقلات وإزاحتهم من الطريق. فهل هذا منطقي، ففي الوقت الذي تستعد فيه الجماعة وحزبها للسيطرة على أكبر عدد من المقاعد في البرلمان، وفي نفس الوقت تستعد لتشكيل الحكومة، أن تكون مدرجة على قائمة المنظمات الإرهابية لإحدى الدول؟!