اعتبر علي عبد الفتاح، القيادي في جماعة الإخوان المسلمين، أن حديث الظواهري هدفه الشو الإعلامي فقط. وقال عبد الفتاح، في تصريح لجريدة الحياة: «كلامه مردود عليه، فالإنجازات التي حققها الدكتور مرسي أكبر بكثير من المتوقع، ويكفي أنه خلّص مصر من حكم العسكر، وطهّر الأجهزة الرقابية، ما سيسمح بفتح ملفات الفساد، فضلاً عن إلغاء الإعلان الدستوري المكمل. وأوضح أنه في ما يخص تطبيق الشريعة، فإن الوسائل كثيرة للوصول إلى هذا الهدف، ولكن ليس العنف أحدها، وقال: «نسعى إلى تغيير مجتمعي متدرج، وبقاء واستقرار رئيس مدني منتخب أولى من هذا التحريض الذي يمارسه الظواهري وأنصاره. من جانبه، قال القيادي في الجماعة الإسلامية الدكتور طارق الزمر إن الجماعة ترى أن الثورة لم تكتمل بعد «لكن علينا أن نساعد الرئيس المنتخب في استكمال الثورة، والتأكيد على أن ذلك مسئولية الشعب وليس الحكومة والسلطة. وبخصوص حديث الظواهري عن الشريعة الإسلامية، قال الزمر: «دورنا أننا انتخبنا رئيساً نثق في تطبيقه للشريعة وعلينا أن نعاونه بالنصح والمشورة، لكن يجب أن نعلم أن الشريعة لا تُطبّق في شهر أو اثنين ولا حتى سنة، لأن الشريعة كنظام قانوني في حاجة إلى وقت لتطبيقها، والأولوية الآن يجب أن تكون لتطهير المؤسسات ومكافحة الفساد، لأنه من دون ذلك لن تطبق الشريعة». وأيّد الزمر دعوة الظواهري لإطلاق عبدالرحمن، ولكنه أوضح أن ذلك لا يكون بالعنف أو إعلان الحرب على أمريكا ولكن بالوسائل السلمية والقانونية والدبلوماسية، وقال الزمر: «الثورة لن تنجح إلا بالوسائل السلمية وأي محاولة لإدخال العنصر المسلح لن يؤدي إلا لإجهاضها». وعن حديث الظواهري بخصوص الخلاف بين الليبراليين والإسلاميين، قال الزمر: «هذا الخلاف موجود ويسأل عنه العلمانيون الذين يريدون زرع الفتنة، فالاستقطاب هم السبب فيه وهو أمر يضر بالثورة». من جانبه، قال الخبير السياسي الدكتور عمرو الشوبكي، وهو أحد الأصوات الليبرالية في مصر، إن الثورة لم تقم في مصر لتطبيق الشريعة، ويجب ألا تختزل الثورة في هذه النقطة «ثم إن الظواهري وتنظيمه لم يشاركا في ثورات الربيع العربي، بل على العكس بعثت هذه الثورات برسالة مفادها أنه يمكن التغيير سلمياً وليس عن طريق العنف». وأوضح أن «هجوم الظواهري وتحريضه لن يغيّرا في الأمور شيئاً، فالقاعدة تنظيم احتجاجي عنيف خارج الأطر السلمية والديمقراطية، وهو ليس طرفاً مؤثراً في الحياة السياسية المصرية»، واعتبر أن حديث الظواهري عن القوى المدنية «تحريضي، ولا أساس له من الواقع»، تاتى تلك الردود بينما تجاهلت رئاسة الجمهورية الرد على انتقادات الظواهري، اعتبرتها تيارات الإسلام السياسي "تحريضاً غير مقبول". من جانبه ،وصف الدكتور أيمن أبو العلا عضو الهيئة العليا للحزب المصري الديمقراطي تصريحات أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة بشأن الحكومة المصرية بانها مستفزة ، قائلاً إن كل المصريين يرغبون في تطبيق الشريعة التابعة في القرآن والسنة . واضاف ابو العلا في تصريحات لجريدة الاهرام لا يحق لأي فرد مهما كان أن يتدخل في الشئون الداخلية حتي ولو كان مصريا مقيما في الخارج ، مطالباً الظواهري بأن يأتي لمصر وينتقدها من داخلها إذا اراد ان يتحدث عن الشئون الداخلية. ونُسب إلى الظواهري قوله في تسجيل صوتي إن «المصريين يريدون رؤية حكومتهم محررة من التأثير الأمريكي وكذلك انتصار فلسطيني على إسرائيل». وأضاف أن «المعركة لم تنته ولكنها بدأت»، داعياً «جميع الناس الشرفاء في مصر» إلى «القيام بحملة شعبية من أجل إنجاز الثورة التي أجهضت». وقال: «على الأمة الإسلامية في مصر خوض معركتهم للنهاية لنصرة الشريعة الإسلامية»، ووجه تساؤلات إلى الرئيس مرسي حول نياته تجاه إسرائيل، والأقباط المصريين، وآلية تطبيق الشريعة، وأكد تمسكه بخطف غربيين لمبادلتهم بأمير «الجماعة الإسلامية» الشيخ عمر عبدالرحمن المسجون في أمريكا.