بدأت الخلافات بين السادات والبابا بأحداث الخانكة فى 6 نوفمبر 1972 – وكان يصادف عيد الفطر المبارك – حيث أحرق مجهولون كنيسة قبطية بنيت بدون ترخيص، فكيف تصرف البابا شنودة السياسى، فى اليوم التالى قام عدد كبير من القساوسة والرهبان، يتقدمهم البابا بمسيرة مشيا على الأقدام حتى موقع الكنيسة، وهو ما استفز قطاعًا كبيرا من المسلمين فأحرقوا عددا من المحلات القبطية، وتشكلت لجنة برلمانية برئاسة المرحوم د. جمال العطيفى. وأصدر العطيفى تقريره فى نفس العام وكان ضمن توصياته إصدار قانون موحد لبناء دور العبادة. ومنذ هذه اللحظة بدأ السادات يشعر ان البابا يقود الاقباط وكأنه زعيم سياسى وليس رجل دين وأعتبر هذه المسيرة الغير مسبوقة، تحديا مسيحيا وتمردا علنيا على حكمه، واستمر تشدد السادات فى عملية بناء وترميم الكنائس وتطبيق الشروط العشرة والخط الهمايونى، وقام باستقطاب بعض العناصر القبطية "منهم الاب متى المسكين" المناوئة للبابا الذى واصل بدوره تحديه للرئيس السادات وأعلن رفضه لخططه، فى الوقت الذى كان السادات يحرص على الظهور بمظهر الرئيس المؤمن، واتخذ لدولته شعار العلم والإيمان. فى المقابل لم ترق تصرفات السادات للبابا شنودة، فكان توجهه بزيادة عزلة الاقباط فى المجتمع، وانسحبوا بشكل شبه كامل إلى الكنيسة، التى وفرت لهم كل الخدمات التى تغنيهم عن الدولة، من خدمات اجتماعية وثقافية، بل وحتى تدخلت لتوظيف الشباب العاطل فى انشطة داخل الكنيسة، وفى هذا الوقت كانت المناوشات بين الاقباط والمسلمين فى مصر تأخذ شكلا متصاعدا، حتى جاء عام 1980 واخذ الصدام بينهما ذروته بعد الأحداث الطائفية التى شهدها حى الزاوية الحمراء ، ففى 17 يونيو من هذا العام نشب عنف طائفى بين الأقباط والمسلمين لمدة ثلاثة أيام متتالية ووصل عدد القتلى طبقا للتقرير الحكومى إلى 17 قتيلا و 112 جرحى، واستمر التصعيد من جانب البابا شنودة يأخذ شكلا زعاميا بصورة اكبر، ويقول الكاتب والسياسى القبطى جمال اسعد ملاك "اعتبر السادات ان البابا شنودة يريد ان يتحداه ويصبح زعيما للاقباط"، ولم لا لقد مارس البابا شنودة كل انواع الانشطة السياسية بما فيها الزيارات الخارجية، وكانت مجلة الكرازة - التى تصدر عن الكنيسة ويرأس تحريرها حتى الان البابا نفسه – تنشر انباء الزيارة تحت عناوين سياسية بارزة لا تقل عن تلك التى تنشر فى صحف الدولة الرسمية وعندما زار الأنبا شنودة الولاياتالمتحدة فى زيارة رسمية، والتقى بالرئيس الأمريكى آنذاك جيمى كارتر فى 14 أبريل 1977، نشرت عناوين مثل "اول بابا للاسكندرية يزور الولاياتالمتحدة ، "قداسة البابا يلتقى بالرئيس كارتر فى البيت الابيض بواشنطن"، وهكذا بدا الامر للسادات ضرورة الحذر مع التوجهات السياسية للبابا، حتى تلك التى اظهرها البابا بدعم توجهاته للسلام مع اسرائيل، حيث اعلن المجمع المقدس تأييده التام للتسوية، وارسل البابا برقية للسادات تحى جهوده "الرائعة" لاجل السلام وختم برقيته بترشيحه لجائزة نوبل للسلام، وعندما وقع السادات الاتفاقية نشرت مجلة الكرازة فى 23 مارس 1979 تقول " لقد فرح الناس ايضا لامكانية فتح القدس للزيارة مرة اخرى بعد 12 عاما من غلق طريقها"، وهو ما دفع السادات الى ارسال وفد الى البابا يدعوه لاعداد وفود مسيحية لزيارة القدس فى اطار مجهودات السادات للتطبيع بين المصريين والاسرائيليين فى اعقاب توقيع الاتفاقية، وارسال بعثة الحج المسيحية الى بيت المقدس.. ولكن رداً صاعقاً جاءه من الأنبا الذى قال لرُسل السادات "أرجوكم إبلاغ الرئيس أننى لا أرى الوقت مناسباً لتنفيذ اقتراحه"، ليشتعل غضب السادات من هذا الموقف، وخاصة وانه كان قد وعد بيجن بانه لا يمانع من زيارة الاقباط للقدس، ولم يكن يتصور ابدا ان يجرؤ البابا شنودة على رفض طلبه، وفى هذه القضية تحديدا بدأ البابا يحصل على الجماهيرية ، بل ومارس المناورات السياسية حول اسباب الرفض التى بدأت بعدم اعادة اسرائيل دير السلطان التى استولت عليها من الاقباط فى اعقاب النكسة، وربط الزيارة بعودة الدير، بل وتطبيع العلاقات، ثم انقلبت لتصبح اسباب سياسية بحتة بعد موت السادات من عينة مراعاة الصالح العام ، والتضامن مع الاخوة المسلمين والحديث عن أن المشاكل التى تفصل مصر عن بقية العالم العربى – فى عهد السادات - ستحل ذات يوم وأنا لا أريد أن يكون أقباط مصر هم خونة الأمة العربية حينما تعود المياه الى مجاريها، وأنه لن يزور القدس إلا ويده فى يد إخوته المسلمين، لذلك انتهت علاقة السادات بالانبا شنودة تلك النهاية الدرامية فى احداث سبتمبر حين قبض السادات على 1536 من مختلف التيارات والاتجاهات السياسية والدينية، كان على رأسهم البابا الذى تم تحديد اقامته، وعزله من منصبه كما اشرنا من قبل، ليس لكونه رجل دين بل بوصفه سياسى محنك يجيد المناورات، وادارة دفة الامور.