تخوفت دراسة إسرائيلية من اتجاه جماعة الإخوان المسلمين لإعادة العلاقات مع إيران، حيث أكدت الدراسة أن بعض الزعماء الكبار فى الجماعة ينظرون بإيجاب إلى دور طهران على أساس أنها تقود معسكر المقاومة ضد التقريب، فضلاً عن التشابه فى التركيب الحركى للجماعة من حيث الفكر والهيكلة. وعلى الرغم من ذلك أوردت الدراسة أن هناك جانبا آخر داخل الجماعة يختلف مع ذلك لكون الإخوان بالأساس حركة سنية محضة وتقوم على النظرة السلبية حيال المذهب الشيعى مدللة على ذلك بالشيخ يوسف القرضاوى أحد أهم مرجعيات الجماعة الذى عبر كثيرًا عن مخاوفه من خطر تصدير الثورة الإسلامية وعملية التشيع للشعوب التى تتبع المذهب السنى.
وقالت الدراسة: إن مصر فى عهد مرسى سوف تراعى فى علاقاتها مع إيران عدة اعتبارات رئيسية وهى نظرة النظام الجديد إلى المصالح الوطنية المصرية ومن ضمن ذلك مكانتها الإقليمية، وأيضا ميزان القوى للرئاسة والبرلمان المنتخب وكذلك الجيش والحاجة إلى الحفاظ على العلاقات مع لاعبين إقليميين ودوليين رئيسيين مثل أمريكا والسعودية، كما أن إدراك الرئيس مرسى لخوف السعودية إزاء احتمال أن تتقارب مصر وإيران لن يدفعه إلى المساس بالعلاقات المهمة مع الدول العربية الغنية فى وقت يعانى فيه الاقتصاد المصرى من أزمة، وحسب تقديرنا فإن الاحتياجات اليومية فى مصر ستتغلب على الإيديولوجية وكدليل على ذلك أن مرسى قام بأول زيارة خارج مصر إلى السعودية، وهو ما يعنى أنها رسالة واضحة للمعسكر الذى تتواجد فيه مصر.
وترى الدراسة أن الإدارة المصرية ليست على استعداد أن تدفع ثمن تحسين العلاقات مع إيران ليس فقط إرضاء لدول الخليج وإنما إرضاء للولايات المتحدة والغرب بأسره لأنهم لن ينظروا بعين الرضا إلى مثل هذه الخطوة، ولذلك يرى الباحثون أنه من الصعب الافتراض بأن مصر ستقيم علاقات حميمة وقريبة مع إيران، لأن هذه الخطوة قد تعزل مصر عن الساحة العربية والعالمية، وقد تضر بمكانتها المرموقة فى المنطقة والمصالح المصرية فى منطقة الخليج وحرمانها من المساعدات المالية الحيوية على حد وصف الدراسة، كما أشارت الدراسة إلى أنه ليست لدى إسرائيل القدرة للتأثير على القرارات فى مصر، لكن من الجائز أن تكون منظومات العلاقات التى تتبلور بين إسرائيل ومصر الجديدة مكونا فى القرار المصرى بالنسبة لإيران.∎