تواجه بورصة النيل العديد من المشكلات رغم مرور أكثر من عام ونصف العام علي انطلاقها الذي قيل عنه إنه يساعد الشركات الصغيرة ويعزز من فرص نمو الاقتصاد بصفة عامة إلا أن المشكلات والعقبات حالت دون ذلك وهو الأمر الذي نطرحه علي الدكتور محمد عمران الرئيس الجديد للبورصة لاسيما أنه صاحب فكرة بورصة النيل حين كان نائباً لرئيس البورصة. ويعتبرها الكثيرون من المحللين البوابة الأخري للنهوض بالاقتصاد القومي لنصل إلي مرتبة الدول المتقدمة كالصين التي تقوم علي تلك المشروعات وفي الوقت الذي تبحث فيه الشركات الصغيرة عن أي مصدر للتمويل إلا أن الواقع يشير إلي وجود نقاط ضعف أساسية فيها لم تكن معبرة ومقنعة لكثير من المستثمرين والمتعاملين حتي نتمكن من تحقيق الهدف الرئيسي من إنشائها وهو الأمر الذي دفع العديد من المستثمرين إلي المطالبة بضرورة إعادة هيكلة بورصة النيل. وطالب أحمد العليمي رئيس مجلس إدارة إحدي الشركات التي تنتظر القيد بضرورة تغيير نظام التداول المعمول به في البورصة لأن هذا النظام يتسم بالجمود حيث إن نظام المزايدة لا يتفق مع ثقافة المستثمرين ولذلك يحجبون عنها نتيجة عدم معرفتهم بها، مشيراً إلي أن 99% من المتعاملين لا يعرفون التعامل بذلك النظام لذلك لابد من تغيير نظام التداول من المزايدة إلي نظام التداول الذي يتم للعمل به بالبورصة الرئيسية. قال محسن عادل العضو المنتدب لبايونيرز لصناديق الاستثمار إنه يجب تعديل قواعد القيد بحيث تشمل إلزام الشركات بإتمام طرح حصة لا تقل عن 10% من أسهمها للاكتتاب العام أو الخاص خلال سنة من تاريخ القيد وتشديد قواعد الإفصاح وأشار عادل إلي الأمر اللافت للنظر أن عدد الرعاة المعتمدين لبورصة النيل أكثر من عدد الشركات المقيدة وهو ما طالب معه بضرورة إلزام الشركات بتسجيل شركات جديدة بحد أدني شركة واحدة سنوياً أو يتم إيقاف الترخيص الخاص به مع إعادة النظر في قواعد عمل الرعاة المعتمدين لرفع كفاءتهم. أكد عادل ضرورة إنشاء موقع إلكتروني خاص بالشركات المدرجة يتضمن جميع البيانات الخاصة بالشركات والقوائم المالية لها مع بيانات الإفصاح وتوضيح الهياكل لملكية تلك الشركات علي أن تعرض تلك البيانات بصورة تفصيلية. وعلي الرغم من أن المؤشرات تشير إلي أن الوقت الحالي مناسب لإصلاح هيكل العمل في ذلك الكيان إلا أن مصادر داخل البورصة أكدت أن محمد عبدالسلام رئيس مجلس إدارة البورصة السابق قد أرسل خطابات إلي الرقابة المالية موضحاً فيها مطالب مجلس إدارة البورصة وبعض المستثمرين لتفعيل بعض تلك الخطوات وذلك بعد موافقة رئيس البورصة إلا أنه لم يصل رد علي تلك الآراء والمقترحات حتي الآن.