قبل أربع سنوات وبعد أن ظل مهملا فترة كبيرة.. بدأ المجلس الأعلي للآثار بالتعاون مع جمهورية كازاخستان أكبر مشروع لترميم مسجد الظاهر بيبرس.. الذي ترجع أصوله إليها بتكلفة إجمالية بلغت حوالي 51.968. مليون جنيه علي أن يتم الترميم علي ثلاث مراحل في محاولة لاستعادة الرونق الأثري والتاريخي العريق للمسجد، وتم تحديد يناير 2009 موعدا لانتهاء المشروع ثم يوليو 2010 مفاجأة أن المشروع لم ينته حتي الآن، بسبب عدم توافر الميزانية وقدمت كازاخستان4 ملايين دولار منحة لا ترد مساهمة منها في أعمال ترميم المسجد، وفي ظل الظروف التي تمر بها الآثار والأزمة المالية الشطاحنة التي تعاني منها بات المشروع مهددا بالتوقف ليتعرض تاريخ واحد من أهم الآثار الإسلامية الموجودة في مصر للاندثار والضياع. الإهمال الذي تعرض له المسجد في الأعوام الماضية لا يقارن أبدا بالتعديات التي وقعت عليه في عصور سابقة وساهمت إلي حد كبير في تدهور حالته المعمارية والإنشائية، فالمسجد وحسب ما قاله "محسن سيد" رئيس الإدارة المركزية للآثار الإسلامية بالمجلس الأعلي للآثار تعرض لكوارث، حيث استخدمه الجيش الإنجليزي مذبحا للحيوانات ومن قبلهم الفرنسيون استخدموه كمخبأ وقلعة أثناء حملتهم علي مصر وفي عام 1812، تم استخدامه كمصنع للصابون، وفي عام 1976 استخدم كمخبأ عسكري أثناء الحرب ناهيك عن أن بعض أعمدته الرخامية تم استخدامها لبناء أحد أروقة الأزهر بالإضافة إلي أن مئذنة وقبة المسجد مدمرتان تماما. وأشار إلي أنه تم الانتهاء من 70 ٪ من المشروع وقال: انتهينا من تدعيم الأساسات وجميع أعمال الترميم المعمارية من فك الأرضية والحوائط والأكتاف والعقود وإزالة الإضافات الخراسانية التي ألحقت بالمسجد وشوهته في عصور سابقة، كذلك تم حقن الحوائط وإقامة الأعمدة والإيوانات وتتبقي الأسقف الخاصة بالمسجد حيث أنها متهدمة تماما وتبحث اللجنة الدائمة هل يعاد مسألة بناء نماذج للمئذنة والقبة علي نفس طراز البناء كما سيتم تطوير المنطقة المحيطة بالمسجد. وأوضح رئيس الإدارة المركزية للآثار الإسلامية أنه نتيجة للظروف التي تمر بها مصر وتأثر السياحة والآثار بها فإن ميزانية الآثار هي الأخري تأثرت كثيرا وقال: توقفت عمليات الترميم لأن الأموال المتوافرة تكفي فقط درأ خطورة للآثار التي لا تحتمل الإنتظار وعلي وشك الانهيار، لافتا إلي أن العمل بطيء جدا داخل المسجد وربما يكون أبطأ من السلحفاة في سيرها وفي حال توافر السيولة المالية اللازمة يمكن الانتهاء من الترميم خلال 6 أشهر أو أقل. جدير بالذكر أن الظاهر ركن الدين أبوالفتوح بيبرس البندقداري من كازاخستان، جاء إلي مصر ودخل في خدمة الملك الصالح نجم الدين أيوب ثم من بعده عز الدين أيبك ثم الملك المظفر قطز الذي كان بيبرس من أهم قواده ولعب دورا كبيرا في الانتصار علي المغول في موقعة عين جالوت عام 659ه وقد بني المسجد في الفترة من 665ه - 667ه وأنفق عليه مالا كثيرًا، وأضيفت إليه ملحقات كالأسبلة والخنقاوات ودور العبادة، وبني علي نفس تخطيط المساجد الجامعة التي اشتهر بها العصر الفاطمي مكشوفة الصحن وله ثلاثة مداخل تذكارية تميزه ومدخل سري كان يستخدمه الظاهر بيبرس لأداء الصلاة دون أن يعترضه أحد والبوابة الرئيسية مغطاة بقبة مشيدة علي غرار قبة الإمام الشافعي مكتوب عليها النص التأسيسي ويتكون رواق القبلة من ست بلاطات وهو أكبر الأروقة وبالمسجد 172 نافذة مزخرفة بزخارف نباتية وهندسية أما الرواقان الآخران فمكونان من ثلاث بلاطات والرواق الرابع بلاطتان فقط.. ويحتوي علي مقصورة بإيوان القبلة.