على الرغم من محاولات مديرية الأوقاف بالإسكندرية فرض سيطرتها ورقابتها على المساجد التابعة لها لمنع انتشار الفكر المتشدد بمساجد الثغر واستغلالها فى غير الهدف المخصصة له وتضم الإسكندرية أكثر من 10 آلاف مسجد وزاوية. يحتاج كل مسجد فيها إلى إمام ومقيم شعائر وثلاثة عمال وهو أمر غير ممكن بسبب العجز الشديد فى أعداد العاملين بالوزارة، ولمدينة الإسكندرية صبغة خاصة، حيث إنها معقل الإخوان والسلفيين، حيث خرج منها العديد من الشخصيات السلفية، أبرزهم الشيخ ياسر برهامى النائب الأول للدعوة السلفية والشيخ أحمد حطيبة ومجموعة من رموز الدعوة. وينتشر جمهور السلفيين فى المناطق الفقيرة والشعبية مثل العجمى والدخيلة ومن أبرز مساجدهم الشيخ الروبى ومسجد فجر الإسلام بالظاهرية وبه الشيخ أحمد حطيبة، ومسجد نور الإسلام بمصطفى كامل بمنطقة سموحة، كما يتواجدون أيضاً بكثافة فى غبريال وأبو سليمان وسيدى بشر وباكوس وأبوقير والعامرية والمطار وفكتوريا والحضرة الجديدة والأماكن الراقية مثل سيدى جابر ورشدى ومصطفى كامل. ودائماً ما يردد رجال الدعوة السلفية بأن الأزهر الشريف هو المرجعية الفكرية لهم إلا أن البعض يرى ان تلك ليست الحقيق وانها مجرد تصريحات سياسية. حيث يقول مصدر رفض ذكر اسمه إن معظم المساجد يسيطر عليها السلفيين وبكل مسجد 6 أشخاص يسيطرون عليه من السلفيين، ولا يقبل الأهالى على الصلاة فى تلك المساجد، نظرًا لأن السلفيين يطيلون فى أداء الصلاة ولايستخدمون الآيات القرآنية القصيرة ويطيلون فى السجود الأمر الذى يكون صعباً على المسنين المصابين بالأمراض وأن مسجد المدينةالمنورة الذى يقع خلف قسم سيدى جابر، هو أحد معاقلهم الرئيسية بالاسكندرية. وتابع: يأتى يوم الجمعة إمام تابع للأوقاف للخطبة حتى الخادم يأتى الخميس ويذهب الجمعة ولايوجد إمام مقيم، وأنهم يجذبون اليهم غير المثقفين وأشار إلى أن جميع الزوايا يضع السلفيين أيديهم عليها، لافتا إلى أن عدد الأئمة ليس كافياً لعدد المساجد بالثغر فلو ان كل مسجد يوجد به إمام مقيم لن يتمكن اصحاب الفكر المتشدد من احتلال المساجد ويضيف اعرفهم من حديثهم وعندما يصعد السلفى على المنبر لايقول سيدنا محمد يقول محمد فقط بحجة الخوف من تأليه النبى «ص» ويبدأون حديثهم بأن كل بدعة ضلالة وكل ضلالة فى النار. وأشار الشيخ سامح عبد الحميد القيادى بالدعوة السلفية، إلى أنه بالفعل هناك تواجد للسلفين بمساجد الإسكندرية وهذا لعدم توافر عدد من الأئمة الأزهريين التابعين للأوقاف بالشكل الكافى فهناك مساجد لايوجد بها أئمة يقوم فيها أى من الأهالى بدور المؤذن والإمام الأهالى لافتاً أن طقوس إقامة الصلوات السلفية لاتكون إلا فى المساجد المخصصة للسلفين وليس بمساجد العوام، وان هناك مساجد بالعمائر وزوايا كثيرة جدا بالثغر لايمكن توفر أئمة من الأوقاف. والأوقاف غير قادرة على تمويل الاسكندرية حيث يجب أن توفر بكل مسجد إمام ومؤذن وخادم وعامل نظافة. وأضاف هناك مشكلة أنه لا توجد جامعة أزهرية بالاسكندرية تخرج شباباً أزهريين ويضطر أبناؤنا للسفر خارج الاسكندرية، لدمنهور أو طنطا للدراسة فى الوقت الذى يوجد به كليات أزهرية فى الغربية وغيرها من المحافظات. وتابع: يقولون نريد محاربة الفكر المتطرف إذ لابد من إنشاء كليات أو مجمع للكليات تابعة للأزهر بالإسكندرية، وأسكن بمنطقة سيدى بشر وبجوارى مسجد الهدى ياتى له امام من البحيره بأبو حمص ليخطب الجمعة ونظرا لعدم تواجد امام بالمسجد فى بعض الاحيان يطلب منى الأهالى أن اقوم بدور الإمام أو الخطيب واستجيب رغم اننى أكون فى بعض الاحيان مجهد أى بكل صراحة نحن كسلفيين نقوم بالخطبة والإمامة فى المساجد التى لايتوافر فيها أئمة والقانون يبيح لى إذا تغيب الإمام ان يصعد أحد للمنبر لنصلى بالناس. ونحن كسلفيين لسنا ضد أئمة الأوقاف ومنا من هم سلفين وتابعين للفكر الأزهرى وللأوقاف. واشار الشيخ جابر قاسم وكيل الطريقة الصوفية بالسكندرية إلى أن اعتراف السلفية بان الأزهر الشريف هو المرجعية الفكرية ياتى فى إطار الشو الإعلامى وأن تصريحاتهم تصريحات سياسية فقط، لافتًا ان السلفيين لايعترفون بالأشعرية ولا بالإمام الجنيدى فقط يعترفون بالفكر المتطرف ,يعترفون بالامام أحمد بن حنبل وهو كان رجلًا صالحًا ولكنهم «يفسرون» أحاديثه بطريقة خاطئة وهذا سبب الفتنة. لافتا إلى أن الفكر السلفى يعتبر زيارة قبر النبى معصية ويتحدث فى التجسيد لله أن السلفية تعترف بالازهر كمرجعيه لدواع سياسية فقط أى عند التطبيق يعترفون بأحمد بن حنبل وابن تيمية ومحمد بن عبدالوهاب. واضاف مصدر اخر بالصوفيه رفض ذكر اسمه، ان وزير الأوقاف رجل من انصار السنه المحمديه لذلك لابد من عمل كوته لرفع مرتبات المؤذنين والائمه والعمال وعمل قرار بمنع العمل الاخر لتلك الفئه. مشيراً إلى أن الأوقاف مقصرة فى محاربة هذا الفكر المتطرف لانها لديها مساجد كثيرة لا تستطيع أن تكفيها والمرتبات فى الأوقاف ضعيفة مما يجعل الأئمة يعملون بالخارج، الأوقاف لا تساعد العاملين. واوضح وكيل وزارة الأوقاف الشيخ محمد العجمى اى شخص يخرج عن اطار القانون نقوم بتحرير محضر له ونحن حتى الآن كأوقاف قمنا بتحرير 17 محضرًا لعناصر سلفية قامت بالقاء دروس دون الحصول على تصريح مثل حاتم فريد الواعر وأحمد البر بزاوية أم المؤمنين الشيخ سعيد فاروق بزاوية بالمندرة وجمال برهامى. وأضاف: منذ أن توليت الإسكندرية من ثلاثة أشهر نعيد ترتيب الأوراق والدفع بالائمة أصحاب الفكر الوسطى المستنير بالمساجد الكبرى لدينا890 إماما وألفًا و51 خطيبًا والوزارة تقوم بدورها على اكمل وجه ارسلت لنا 33 إمامًا بالمسابقة الماضية وننتظر 40 آخرين نحن مع غلق الزوايا الصغيرة غير المتوافر بها شروط اقامت صلاة الجمعة. ونقوم بالاستعانة بالوعاظ لن نسمح لأى شخص غير مرخص له بإلقاء الخطب والدروس بدخول المسجد لكل من هب ودب صعود المنبر لأنه رسالة تتحملها الأوقاف والازهر ولن يتم التهاون مع اى شخص أيًا كان وسيتم اتخاذ الاجراءات القانونية وتطبيق الضبطية القانونية على كل المخالفين. واضاف هناك شيوخ سلفيون خريجو أزهر حاصلون على تراخيص للخطابة ومنهم الشيخ ياسر برهامى وأى أزهرى يتقدم وتنطبق عليه الشروط ويحمل شهادة أزهرية تنطبق عليه الشروط والمقابلة ويظهر ان فكره وسطى مستنير نحضر له موافقة ونحرر له ترخيص خطابة. وعن تجمعات السلفيين اشار إلى أن لديهم تجمعات كبرى بالعامرية والعصافرة وسيدى بشر وباكوس العجمى والبطاش والمنتزة والدليل على المتابعة تحرير 17 محضرًا فى شهرين نحن نطبق قانون شروط الخطابة اخترنا 10 مساجد لإعطاء دروس بها من فترة العصر للعشاء بإشرف اساتذة الجامعة لتثقيف الاطفال والحفاظ عليهم.