كشفت مصادر رسمية بوزارة النقل عن أن الموضوع الأول الذي قام المهندس عاطف عبد الحميد بإحالته للنائب العام بقطاع النقل البحري هو استيلاء الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا علي 58 مليون دولار تمثل تكلفة المرحلة الرابعة والخاصة بتوريد معامل ومعدات لتدريب جميع العاملين بقطاعات النقل البري والسككي والبحري والنهري في مصر، وإطلاع العاملين بالقطاع علي أحدث التكنولوجيات المستخدمة في هذا المجال وذلك ضمن خطة تطوير وإعادة هيكلة السكة الحديد التي أعدها مكتب الخبرة الأجنبي «بوذ آلن» الأمريكي حيث قدمت الحكومة الأمريكية لمصر من خلال وزارة التعاون الدولي منحة لتطوير وإصلاح سياسات النقل في مصر بقيمة 124 مليون دولار يتم تنفيذها علي 4 مراحل تبلغ قيمة الثلاث مراحل الأولي 66 مليون دولار استولت عليها الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا بالكامل، وهو ما أدي إلي اعتراض وزارة النقل إثر تقديم قطاع النقل البحري وهيئة السكة الحديد تقريرين رسميين للوزارة يؤكدان عدم استفادة الوزارة من قيمة المنحة في المراحل الثلاث الأولي وطالب اللواء توفيق أبوجندية رئيسي قطاع النقل البحري سابقاً باسترداد المعدات لمعهد وردان وتحويل قيمة المرحلة الرابعة لهيئة السكة الحديد بشكل مباشر والبالغة 58 مليون دولار حيث إنها هي المنوط الأساسي للتدريب جميع العاملين بقطاع النقل ومقام علي مساحة 50 فداناً وتملكه الدولة.