أصدر مجلس شوري المجاهدين بيانا جاء مفادة بإنكار المجلس أى صلة له بعمليات رفح حيث قال البيان “إننا في مجلس شورى المجاهدين في أكناف بيت المقدس ليس لنا أي صلة من قريب أو بعيد بالهجوم الذي استهدف الجيش المصري على الحدود مع فلسطينالمحتلة بتاريخ 5- 8 – 2012 كما نستغرب بشدة قيام بعض وسائل الإعلام بترديد الإتهامات لمجلس شورى المجاهدين أو الجماعات الجهادية العاملة ضد اليهود دون أي دليل سوى ما جاء على لسان الناطق باسم الجيش الصهيوني أفيخاي أدرعي ، وندعو الجميع لتحري المصداقية في تناقل الأخبار، والحذر من المصادر المشبوهة، والأبواق المأجورة. كما أكد المجلس على رفضه لإتهام الشعب الفلسطيني المظلوم بالوقوف خلف كل حادث في مصر،ليكون ذلك سبب لتشديد الحصار والخناق على المسلمين هناك، فمِن غير المفهوم وقبل حدوث تحقيق أو معرفة الجهة التي تقف وراء الهجوم أن يتم إغلاق معبر رفح “لأجلٍ غير مُسمى” رغم أنه ممر دولي تُمارس فيه كل وسائل الأمن المتعارف عليها. وحذر شورى المجاهدين كافة الجهات المعنية من التورط في إشعال نار حرب نظن أن الجميع في غنى عنها؛ ونستنكر الدعوات للقيام بحملة ظالمة ضد المجاهدين الصادقين، الذين أثبتوا أن هدفهم الرئيسي هو قتال اليهود الغاصبين، وقد شاهد الجميع كيف تم تجنب الجيش المصري أثناء مهاجمة القوات اليهودية خلال “غزوة النصرة للأقصى والأسرى” بتاريخ 18 – 6- 2012الماضى