بدأ منذ الساعات الأولى من صباح اليوم، تجيهز المقبرة الرخامية التي سيدفن فيها البابا شنودة داخل أحد حجرات الدير، وفق وصيتة. كتب على المقبرة الرخامية : صاحب القداسة الأنبا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية (117)، معلم الأجيال وراعي الرعاة وقديس عصرنا، ارتقى كرسي مار مرقس الرسول في 4 هاتور 1688 للشهداء الموافق 14 نوفمبر 1971 ميلادية، استراح في الرب يوم السبت 8 برمهات 1728 للشهداء الموافق 17 مارس 2012 ميلادية، ويرقد حسب وصيته في هذا المكان. وقد زينت القاعة التي سيستقر بها جثمان البابا، برسومات قبطية للقديسين وللسيد المسيح والسيدة مريم العذراء، بينما فرشت أرضيتها بالسجاد الأحمر، ووضعت في أركانها الزهور البيضاء