رفض الدكتور محمود حمدي زقزوق وزير الأوقاف الاتهامات التي وجهها بعض تيارات المعارضة في البرلمان، بتواطؤ مديريات الأوقاف مع السلطات الأمنية ضد أئمة المساجد في مصر. كان نواب الإخوان المسلمين السيد عسكر وحمدي زهران وماهر عقل وسعد الحسيني وأكرم الشاعر ومحمد عبدالرحمن وعادل البرماوي وعادل السخاوي، قد قدموا طلبات إحاطة يتهمون فيها السلطات الأمنية بإهانة الأئمة ومضايقتهم علي يد ضباط من جهاز أمن الدولة، ونقلهم تعسفيا بعيدا عن محال إقامتهم، وتهديد بعضهم بالاعتقال وتلفيق الاتهامات التي تسئ إلي سمعتهم والحط من كرامتهم، كما اتهم النواب إدارات الأوقاف بالتواطؤ مع جهاز مباحث أمن الدولة، واستدل النواب في اتهاماتهم بواقعة الاعتداء بالضرب علي كل من الشيخ محمد عبدالحميد والشيخ عبدالله القطب في مقر جهاز مباحث أمن الدولة بالعريش. وردا علي ذلك، أكد د. زقزوق في رسالة للبرلمان أن دور الأمن مقصور علي التعاون مع وزارة الأوقاف، حيث يخطرها بالعناصر التي يثبت ممارستها لأنشطة متطرفة مخالفة لصحيح الدين، لكن الأمن لا يتدخل إطلاقا في العمل الدعوي. وأكد الوزير عدم نقل أي إمام من العمل في مجال الدعوة إلي عمل إداري إلا في حالات الضرورة القصوي