انتقدت جماعة الإخوان المسلمين خطة وضعتها الحكومة لضم المساجد الأهلية إلى وزارة الأوقاف، واعتبرتها محاولة لتأميم الدعوة سيترتب عليها خطر شديد جداً على مستقبل الأمة. وبدأت وزارة الأوقاف ضم عدد من المساجد الأهلية التي تتبع الجمعيات الشرعية، بعد إعلان وزير الأوقاف الدكتور محمود حمدي زقزوق أن وزارته وضعت خطة لضم المساجد الأهلية، وتوفير الدعاة والخطباء والعاملين في تلك المساجد التي يتجاوز عددها مئة ألف يعمل فيها نحو 45 ألف إمام وخطيب. وأثارت هذه الخطوة حفيظة الإخوان، خصوصاً أن المساجد التي يملكها الافراد والجمعيات تشكل رافداً أساسياً لنشاط الجماعة على المستويين السياسي والدعوي. وكانت لجنة الشؤون الدينية في مجلس الشعب وافقت أخيراً على مشروع قانون لمراقبة صناديق التبرعات في كل المساجد المصرية الحكومية والأهلية، خصوصاً مساجد الجمعية الشرعية و أنصار السنّة المحمدية، أكبر الجمعيات الأهلية الإسلامية في مصر. واستنكر إسلاميون رفض السلطات طلبات قدمها أئمة مساجد لإقامة سنة الاعتكاف في شهر رمضان المقبل الذي سيبدأ خلال أقل من أسبوعين، معتبرين أن الحكومة أصبحت تسيطر على المساجد. وقدم نائب الإخوان الشيخ سيد عسكر سؤالاً برلمانياً إلى رئيس الوزراء الدكتور أحمد نظيف ووزير الأوقاف، عن إشراف الحكومة على المساجد وما اعتبره تدخلاً أمنياً في عملها. وقال عسكر لصحيفة الحياة انه قدم سؤاله بعد تكرار منع مباحث أمن الدولة إقامة سنة الاعتكاف في مساجد عدة، وانتظر رد وزير الأوقاف على سؤالي كتابة، معرباً عن اعتقاده بأن هناك تعليمات أمنية للحصول على تصريح لإقامة سنة الاعتكاف وهو ما قام به بعض أئمة المساجد، إلا أن السلطات أخبرتهم برفض طلبهم. وقال رئيس المكتب السياسي للإخوان الدكتور عصام العريان إن هذا القرار محاولة لخلق مناخ من الاستبداد، وكبت أي صوت يعارض الآراء الحكومية وهو جزء من استراتيجية عامة تطاول كل المنابر، لا المساجد فقط. ورأى أن لهذا القرار تبعات سلبية، خصوصاً مع نقص عدد الأئمة، فضلاً عن التدخلات الأمنية في عمل المساجد التابعة للأوقاف، وتحديد المواضيع التي تجوز إثارتها وتلك التي لا يمكن الحديث فيها، ما أوصل أئمة الأوقاف إلى اللغة الخشبية التي يتحدثون بها. واعتبر أن هذا الأمر سيزيد التطرف، فالشباب سيتوجه إلى السبل السرية للتعبير عن رأيه بحرية، وهنا لا يمكن السيطرة عليه.