طالب وزير الطيران المدني المهندس وائل المعداوى المسئولين بمطار مرسى علم بإعادة النظر في رسوم الهبوط والإيواء للطائرات التي تستخدم المطار لكون المبالغ مرتفعة للغاية وتتحملها شركات الطيران، مما يؤدى لرفع ثمن التذكرة على الراكب. وقال المعداوي"إن هذه الرسوم مرتفعة للغاية مقارنة بمطار الغردقة القريب من مرسى علم، مما يؤدى إلى تفضيل شركات الطيران استخدام مطار الغردقة، موضحا أنه لا يستطيع أن يتدخل في هذا الموضوع الا ان هناك مطالبات من شركات الطيران للوزارة بأن تتدخل لخفض الرسوم. يذكر أن مطار مرسى علم تقوم شركة الخرافى للاستثمارات بإدارته بنظام "بى او تى"، وقد فرض رسوما مرتفعة على هبوط وإيواء الطائرات ما أدى لزيادة سعر التذكرة، ورفض شركات الطيران الخاصة تنظيم رحلات عبر هذا المطار نظرا لارتفاع تكاليف الرحلة الى 2300 دولار مقارنة بالمطارات الأخرى فى الرحلة الواحدة، وقد اشتكت شركات الطيران من الزيادة التي أدت إلى إبعاد المصريين عن مرسى علم مما يهدد السياحة الداخلية بها. وقد أصدر وزير الطيران تعليماته إلى رئيس سلطة الطيران المدنى المهندس محمد شريف إبراهيم بدراسة العقد المبرم بين الوزارة والشركة التى تدير مطار مرسى علم للمطالبة بتخفيض الرسوم