أثار قرار محمد الهواري "رئيس مجلس إدارة أخبار اليوم" بفصل عدد من الصحفيين بالبوابة الإلكترونية للجريدة بعض ردود الأفعال داخل المؤسسة، بعد اتهام المفصولين لرئيس مجلس الإدارة بفصلهم تعسفيا دون إبداء أي أسباب واضحة، مشيرين إلى أن قرار الفصل جاء على خلفية مشاركتهم في الاحتجاجات الرافضة لمعايير مجلس الشورى لاختيار رؤساء تحرير الصحف القومية، و التي أفرزت رؤساء تحرير بعضهم محسوبين على جماعة الإخوان المسلمين، و بعضهم الأخر محسوب على النظام السابق. من جهته أوضح أحمد ثروت (أمين صندوق نقابة الصحفيين الإلكترونيين) إنه اتصل برئيس مجلس إدارة أخبار اليوم لتحديد موعد من أجل بحث مشكلة صحفيي البوابة الإلكترونية التابعة للدار ، لكنه أبدى تعنتاً ورفضاً حتى مجرد مناقشة الأمر ، كما اعتبر الاتصال بمثابة "تحقيق لا يقبله" وأعطى الهاتف للدكتور حاتم زكريا سكرتير نقابة الصحفيين السابق الذي تجاوز في الحديث وأكد أنه لا يعلم عدد النقابات الصحفية مستنكراً دفاعها عن حقوق الصحفيين.
وأبدى "ثروت" تعجبه من موقف رئيس مجلس إدارة الدار، الذي أصبح الخصم و الحكم في ذات الوقت لأن الصحفيين لجئوا إليه لنصرتهم و رفعوا إليه طلباتهم، و كذلك موقف "زكريا" المناهض لحقوق الصحفيين، و الذي من المفترض أن يكون هو أول المدافعين عن هذه الحقوق باعتباره عضوا في مجلس نقابة الصحفيين.
من جانبه نفى محمد الهواري "رئيس مجلس إدارة أخبار اليوم" أن يكون فصل هؤلاء الصحفيين له علاقة برفضهم لمعايير مجلس الشورى أو أي أسباب سياسية، مشيرا إلى أن أسباب الفصل مهنية في الأساس ، حيث أنهم اختبارات العمل داخل المؤسسة.
وأكدت نقابة "الصحفيين الإلكترونيين" من خلال بيان لها أنها بصدد اتخاذ الإجراءات القانونية اللازمة للحفاظ على حقوق الزملاء المفصولين عن طريق المستشار القانوني للنقابة، مشددة أنها ستسلك كافة السبل القانونية بالتعاون مع إتحاد النقابات المستقلة، والاتحاد العربي للصحافة الإلكترونية، لاسترداد حقوق الصحفيين الالكترونيين المفصولين تعسفياً.