اثارت زيارة الداعية الاسلامى وجدى غنيم ردود فعل فى تونس فبين من نادى بخروجه من تونس وبين مؤيد لقائة لانه رمز اسلامى مناضل ، غير ان تصريحات الرئيس التونسي المؤقت منصف المرزوقى هى التى علت المشهد السياسي التونسى الذى انهالت الانتقادات عليه من التيارات الاسلامية في انحاء الدول العربية المجاورة مما احرج الاحزاب الاسلامية في تونس . وعلى اثر ذلك قامت مسيرات حاشدة تندد بالمرزوقى الذى وصف شعبه بالجراثيم واتهمهم بالتخلف في لقاء تليفزيونى مثير للجدل مما جعل المسيرات تخرج في شوارع تونس مطالبة بالشريعة الاسلامية والتحرير من حكم العلمانيين مرددين "يا مرزوقى يا جبان الاسلام لا يهان" . وكانت جمعيات إسلامية سلفية هي "بشائر الخير" و "أكاديمية دار الحديث و "الفرقان لتعليم القرآن" و "البصار والدعوة الإسلامية" قد وجهت الدعوة لغنيم لإلقاء مجموعة من الخطب في عدد من المدن التونسية. وقام الداعية المصري المنتمي لجماعة الإخوان المسلمين خلال اجتماعات نظمت في المساجد في عدد من المدن التونسية بتأكيد "إسلامية الدولة التونسية" فيما نعت في مدينة المهدية المعارضين لوجوده في تونس من العلمانيين بالكفار، وبشر أنصاره بقدوم العهد الإسلامي ودعا إلى الجهاد. وفي اثناء ذلك وقع بعض المصابين نتيجة مشادات بين مؤيديه وبين عدد من الشباب الذين رفعوا لافتات تطالبه بمغادرة تونس فوراً. وقال الرئيس التونسي في لقاء تلفزيوني إن :"التربة التونسية بهويتها العربية والإسلامية المعتدلة، لن تقبل هذه الجراثيم، وسترفض التطرف والتشدد"، واصفاً غنيم ب "الشاذ فكريا" فيما وصف محبيه ب "الجراثيم" قبل أن يقدم اعتذاراً عبر صفحته الرسمية على موقع التواصل الإجتماعي فيسبوك عن هذا الوصف. غير أن المرزوقي، باعتباره رجل حقوقي، أشار إلى أنه لا يستطيع منع وجدي غنيم من القدوم إلى تونس. وقلل المرزوقي من خطر المجموعات السلفية على تونس . معتبرا إياه "خطرا هامشيا" وأكد أنه "ليس هناك تربة ينبت فيها السلفيون في تونس"، داعيا إلى محاربة الدعاة المتشددين فكرياً وقائلاً بأن هذا الفكر تجاوزه الزمن. من جانبها اكدت وزارة الشؤون الدينية عدم علمها بزيارة الداعية وتقول إن تصريحاته لا تلزم أحدا سواه كما اشارت الى ان الجمعيات والمنظمات " من حقها دعوة أشخاص في شتى المجلات لزيارة والاستفادة منهم ولكن على الجهة التي تستدعي أن تتحمل مسئوليتها في احترام وتسامح أهل تونس واعتدالهم ووسطيتهم وبما يتناسب مع أهداف الثورة التونسية .
