فجّر الشيخ وجدي غنيم الخلاف بين الإسلاميين والعلمانيين بتونس بعد زيارة قام بها إلى تونس ألقى فيها عدة محاضرات، وهاجم العلمانية وهتف بسقوطها، مؤكدا أن تونس إسلامية.. فتفجرت الأوضاع وتحول الخطاب المقابل في تونس إلى هجوم ليس فقط على وجدي غنيم بل على علماء الدين في مصر عموما، فقد تحدث البعض عن أن هذا هو الإسلام المصري؛ حتى أن هناك من هاجم الأزهر. وألقى منصف المرزوقي -الرئيس التونسي- بتصريحات حادة جدا؛ حيث وصف الشيخ وجدي غنيم وأنصاره ب"الجراثيم"، وأورد برنامج "الحقيقة" اعتذار المرزوقي عن هذا الوصف؛ لكن هذا الاعتذار لم يكن مرضيا للتيار المناصر لغنيم، فخرجت تظاهرة محدودة بعد صلا الجمعة اليوم بتونس؛ تنديدا بتصريحات الرئيس التونسي. وردّا بتطرف علماني مقابل نشرت صحيفة صورة خادشة للحياء للاعب التونسي سامي خذيرة مع زوجته، وتمّ حبس مالك الصحيفة، وأعربت نقابة الصحفيين التونسيين عن أسفها للحادثة. وقد استقبل وجدي غنيم بحفاوة بالغة ذكر أنها بهرته لدى وصوله إلى تونس، وردد الآلاف خلفه هتافات؛ منها: "تونس إسلامية"، و"لا للعلمانية".