منذ اندلاع أحداث مجلس الوزراء تم تحرير العديد من البلاغات والمحاضر الخاصة بالاختفاء والتعذيب والإهمال الطبي بالمستشفيات ومنها مستشفيات خاصة بالقوات المسلحة وقد تلقت غرفة الطوارئ بجبهة الدفاع عن متظاهري مصر عدد من البلاغات بالاختفاء والقبض التعسفي والإهمال الطبي. بالإضافة إلى البلاغات التي قُدمت للنائب العام, حيث تقدم المحامى إسلام السيد ببلاغ إلى جبهة الدفاع عن المتظاهرين بالقبض على مهند عبد المنعم مدرس لغة عربية ,حيث أنه أثناء خروجه من منزله عثر على درع خاص بالجيش فتوجه إلى قسم عابدين لتسليم الدرع فتم اتهامه بسرقته وتم تحرير محضر رقم 919 لسنة 2011 .
وتم اتهامه بسرقة الدرع الواقي بالإكراه من أحد الجنود واستعمال العنف والاعتداء على فرد من أفراد الشرطة العسكرية وقررت النيابة حبسه 15 يوماً على ذمة التحقيق على أن يُعرض على النيابة يوم 5/1/2011.
ومن ناحية أخرى تم القبض على أربعة طلاب من الجامعة الأمريكية في حملة مداهمة على منازلهم بوسط البلد والطلاب هم إسلام كامل مصطفى و مصطفى ناصر و سيمون والز و تاميرا ميليفن , وتم احتجازهم بمكان غير معلوم , وقد رصدت جبهة الدفاع عن المتظاهرين تعرض بعض المعتقلين للتعذيب , وطلب المحامون بعرض المعتقلين على الطب الشرعي إلا أن طلبهم تم رفضه , بالإضافة إلى أن المعتقلين يواجهون صعوبة في العرض على ويهم ,كما أن المستشفيات اتخذت عدة إجراءات تعسفية ضد المصابين عند إصدار التقارير الطبية للمصابين والشهداء .
أمام بخصوص ظاهرة المفقودين والمختفين فقد تلقى النائب العام ما يقرب من 11 بلاغ بالاختفاء اليوم بالإضافة إلى البلاغات التي قُدمت منذ أحداث فض الاعتصام أمام مجلس الوزراء, وكذلك بلاغات التعذيب والإهمال الطبي في المستشفيات والاحتجاز بدون وجه حق وكانت أهم البلاغات بالاختفاء والتعسف في المستشفيات هي 11207 و 11208 و11209 و11210 عرائض النائب العام لسنة 2011 , وقد طالبت تلك البلاغات بالتحقيق مع الضباط القائمين بالضبط وأفراد قوات تأمين ميدان التحرير مجلس الوزراء في جرائم التعذيب واستعمال القسوة مع المتهمين .
وكان البلاغ رقم 11209 و رقم 11210 خاص بالإهمال الطبي بمستشفيات المنيرة والقصر العيني والهلال والسيد جلال وكوبري القبة العسكري ومستشفى القوات المسلحة بالمعادى للتحقيق معهم في وقائع عدم تقديم الرعاية الطبية للمصابين والمحتجزين وتقييدهم بقيود حديدية وهم في حالة إعياء شديد.