يعاني خانقاه "فرج بن برقوق" بصحراء المماليك من الإهمال، حيث بدأت تتساقط كسوات الرخام من حوائط قبتي الضريح، هذا عدا بعض التشققات في جدران الخانقاه. أما محيط الأثر وفق المهتمة بالشأن الأثري سالي سليمان، فهو يستخدم ك"جراج" وورش لإصلاح عربات النقل، و ما حول الأثر قد يسبب كارثة إن لم يتم تدارك ما يحيط بالأثر من تعديات. يذكر أنه بدأ في بناء هذه الخانقاه الملك الناصر فرج ابن برقوق، سنة 801ه-1398/99، وانتهى منها سنة 813ه-1410/11، وهي بناء ضخم لا يقتصر على تربة، بل وضع تصميمها ونفذ على أن يخدم أغراضاً هامة متعددة، فهي مدرسة تدرس فيها العلوم الشرعي، وجامع فسيح الأرجاء وتربة لآل برقوق، وخانقاه فخمة، استغرق بناؤها حوالي الاثنتي عشرة سنة. وبلغ من اهتمام الناصر فرج بها أنه جعل ما حولها مدينة أخرى عامرة بأسواقها وخاناتها وحماماتها، ولكنه مات قبل أن يدرك كل غايته. ففي طرفي هذه المجموعة البحري والقبلي سبيلان يعلوهما مكتبان أنيقان لتحفيظ الأبناء اليتامى القرآن. ومما يزيد الواجهة الغربية جمالاً مئذنتان تقوم إحداهما على يمين المكتب البحري والأخرى على يسار المكتب القبلي. أما الواجهة الشرقية فتتكون من قبتين شامختين متماثلتين رسماً وحجماً تعلو المحراب، وقد حلّيت أسطح القباب بنقوش بارزة متعرجة على شكل دالات نقشت في الحجر. قامت إدارة حفظ الآثار العربية بتقوية ما تداعى من جدرانها، وإعادة بناء ما فقد من بعض أجزائها فأكملت قمتى المنارتين والسبيل القبلى إلى غير ذلك من إصلاحات أخرى، كما تم ترميم الخانقاه قبيل ثورة يناير و لكن توقف الترميم، فأصبح حال الأثر حالياً في غاية السوء.