انتقد الدكتور طارق الزمر القيادي بحزب "البناء والتنمية" الكنيسة المصرية بسبب موقفها من الأقباط الذين قتلوا في الأحداث المعروفة باسم "مذبحة ماسبيرو" التي وقعت في عام 2011. وقال الزمر من خلال تغريده له على صفحته بموقع التدوينات القصيرة "تويتر" : "بمناسبة ذكرى مذبحة ماسبيرو التى تأتى غدا: هل قبضت الكنيسة والأقباط ثمن دماء أبنائهم الذين ذبحهم المجلس العسكرى ؟!"– على حد قوله. وكان الألاف من الأقباط المصريين قد نظموا مظاهرات بمنطقة ماسبيرو بوسط العاصمة المصرية القاهرة في 9 أكتوبر 2011، اعتراضا على هدم كنيسة بقرية "الماريناب" بمحافظة أسوان. والجدير بالذكر، أن منطقة ماسبيرو بوسط العاصمة المصرية القاهرة كانت قد شهدت اشتباكات عنيفة في أكتوبر 2011 بين أقباط مصريين وقوات الجيش المتمركزة أمام مبني الإذاعة والتلفزيون، أسفرت عن مقتل أكثر من 25 شخص.