تقدم مركز النديم للعلاج والتأهيل النفسي وعدد من المؤسسات الحقوقية بشكوى لنقابة الأطباء برقم (4202 لسنة 2011م ) وكذلك لوزارة الصحة برقم (1896 في 21مارس 2011 م) إلا أن وزارة الصحة رفضت استلام الشكوى بزعم أنها تتعلق بأطباء تابعين للقوات المسلحة، إلا أن المؤسسات الحقوقية الموقعة تصر على أن يعلن وزير الصحة موقفه من هذه الممارسات ، باعتبار أنه مسئول عن صحة كافة المصريين. وجاء في الشكوى أن المنظمات الحقوقية تقدمت بطلب التحقيق العاجل في انتهاك ضباط من الجيش وأطباء ضباط بالجيش لحرمة النفس والجسد لعشرات ممن جري احتجازهم يوم التاسع من مارس 2011 بعد فض اعتصام ميدان التحرير .. حيث وصلت المنظمات أكثر من شهادة علي قيام طبيب – يرتدى بالطو أبيض فوق بزته العسكرية ، وبتوقيع الكشف الطبي الإجباري علي عذرية الفتيات اللاتي جري احتجازهن في السجن الحربي، وأن ضابطا بالجيش حضر الفحص إضافة لسجانة. وأضافت المنظمات كما تم تفتيش النساء عرايا كما ولدتهن أمهاتهن بعد أن خلعن ملابسهن في وقت واحد ومكان وواحد ، ورغم إن من قام بالتفتيش سجانة، إلا أن باب عنبر الحجز كان مفتوحا ، ووصلت شكاوى أخري بقيام طبيب السجن بحقن المحتجزين عن طريق الوريد بمادة قيل أنها مسكنة للألم - بعد تعرضهم للتعذيب- وقد اشتكى من حقن بتلك المادة بتعرضه للآلام بالبطن وقئ بعد الحقن. وإذا كان التعذيب بذاته يعد من أسوأ أشكال الانتهاك لحقوق الإنسان وحرمة جسده فإن الوقائع المذكورة تعد انتهاكا فجا للمواثيق الوطنية والدولية المنظمة لمهنة الطب وإخلالا بواجبات الطبيب وأخلاقيات مهنة الطب ، وإننا إذا ندين بشدة تلك الممارسات الممجوجة نطالب سيادتكم بالتدخل لدى المجلس العسكري لوقف تلك الانتهاكات فورا والاعتذار العلني لهؤلاء الضحايا ومقاضاه كل من يثبت تورطه من أطباء وضباط. وقد قام بالتوقيع علي الشكوى مركز النديم للعلاج والتأهيل النفسي ونظرة للدراسات النسوية والشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان ومؤسسة حرية الفكر والتعبير ومركز هشام مبارك للقانون والمركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية والمؤسسة المصرية لتنمية الأسرة ومؤسسة المرأة والذاكرة ورابطة المرأة العربية ومؤسسة دراسات المرأة الجديدة ، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية ومؤسسة قضايا المرأة المصرية ومركز القاهرة للتنمية ومركز القاهرة لحقوق الإنسان وجمعية أمي للحقوق والتنمية ومؤسسة هي للمرأة والجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية .