وصف المفكر الإسلامي الدكتور محمد سليم العوا، حالة الاحتقان الطائفي في مصر ب "الفتنة"، وأبدى أسفه لما أعتبره تراجعًا من البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية عما أدلى به من تصريحات استهدفت احتواء الأزمة الناجمة عن تصريحات الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس المشككة في القرآن الكريم. وتابع: للأسف سمعت البابا شنودة يقول في قناة "الحياة" (أنا لا أعتذر ولست مسئولاً عما حدث ولكني أعربت عن أسفي) ... فهل يعني هذا أنه تراجع عن أسفه، فلابد أن يكون هناك منطق واحد ولغة واحدة، فلا يقول كلام لعبد اللطيف المنياوي على الأولى المصرية، ثم يعود ليغيره مع شريف عامر على قناة "الحياة"، ويتراجع عن إعتذاره فهل نطلق على هذا نفاقًا أم تلونًا في الحديث وأخشى ما أخشاه أن تشتد الفتنة في مصر". وقال العوا إن تصريحاته التي أدلى بها لفضائية "الجزيرة" والتي أثارت هجوم الأقباط عليه جاءت ردًا على "كلام غير لائق" على لسان الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس بأن المسلمين ضيوف على الأقباط، قبل أن يطرح آراء مشككة في القرآن الكريم في مؤتمر "تثبيت العقيدة" بالفيوم. وأضاف بقوله أنه لم يتجاوز في تصريحاته عبر قناة "الجزيرة" "ما قلته لا ينفصل عن شخصي وكتاباتي بل تتسم بسمة الإحترام المتبادل بين أهل الأديان وإذا إنقطع هذا الإحترام إنقطعت العلاقات وتحول الإخوة لأعداء". وأوضح أنه قد جرى التوصل في مؤتمر للحوار الإسلامي المسيحي في عام 2008 إلى ضرورة ألا يخوض أهل كل دين في خصوصيات دين آخر وديننا يقول "وما قتلوه وما صلبوه ولكن شبه لهم"، فلا يصح لمسيحي أن يقول: هذا لا يقال عن المسيح، فالخلاف هو الذي جعل الأديان متعددة، وإلا لماذا هو مسيحي وأنا مسلم.